生信工具说明书 - 文集

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hifiasm对HiFi PacBio进行组装
hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的...

4.2 16777 4 32
HiC-Pro的Singularity简明使用指南
关于原理部分和更详细的介绍，见HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具[https://www.jianshu.com/p/40ab8cb3...

1.3 1554 0 5

一个基于igv.js实现的python脚本，实现简单的网页版IGV
当我想查看软件运行结束后得到的BAM, BigWig, BED和GTF文件时，我都需要先把他们下载到本地，然后用IGV打开。每每这个时候，我就会...

1.4 2872 4 14
DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件
相见恨晚，还好遇到了它今天用BLASTX将我的转录本序列在UniProt蛋白数据库(700w条序列)中搜索，80个线程，过了1小时大概就分析1...

1.2 2379 0 13
使用nextpolish对三代组装进行polish(v1.2.2版)
NextPolish是武汉未来组开发的一个三代基因组polish工具（另外一个常用软件是Pilon）。NextPolish可以使用二代短读序列或...

1.3 4072 2 11
「基因组组装」使用Canu2.0版本的需要注意一个重要改动
在GitHub上向作者请教这个问题后，作者的答复是：旧版Canu其实没有真正的检测到bubble，因此contig其实包含着buble，建议后续...

0.6 3013 5 11
使用SNPhylo构建群体系统发生树
SNPhylo是一个基于SNP数据构建群体系统发生树的流程工具，它能接受VCF,HapMap和简单SNP数据格式作为输入，经过一系列的过滤（低质...

0.9 5021 0 10

使用snpEff对VCF进行注释
使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff未提供相应的数据集（例如自己组...

2.4 8278 2 26
注释手工校正工具Apollo-数据导入篇
Apollo界面介绍 Apollo的界面（下图）分为两个部分，分别是基因组编辑工作区(Genomic Editing Workspace)和信息...

1.0 1928 1 5