samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍：sambamba是一个比samtools更强大...
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sam和bam文件处理
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如何利用NCBI预测基因的结构域和保守位点1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我们可以进入NCBI后选择Con...
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不同的peak calling软件比较
我一般用MACS2做peak calling，但是不知道效果是不是最好的，去搜了一下，发现14年有一篇文章用DNase-seq的数据比较了主流的...
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去除比对偏差 (remove mapping bias)在做等位基因(allele)的研究中，其中一个重要的步骤就是去除比对偏差。众所周知，人是二倍体生物，在染色体同样位置会有一对allele，一般情...
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RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程
tags： RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比对 对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析，与...
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比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth
做完比对后，最直接的一个问题就是想知道：你的reads比对上了哪些区域没比对上哪些区域，有多少reads比对上特定的区域(该区域比对深度)。传统...
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2019-08-21 gffread----gff、gtf格式转换
三代数据分析，用Minimap2分析出结果，生成了gff文件，想继续用为了想用到MatchAnno去，但是MatchAnno需求是gtf文件，所...
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转录组全新学习之总篇
Y叔的RNA-seq workflow 强力推荐[https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow]...
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genomation 基因组学：基因组数据的注释和可视化工具包https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/genomation/inst...
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应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或...
专题公告
二代测序数据处理的相关流程
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