发简信
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计算Veen图中的P values这里的a为A数据集的基因数，b为B数据集的基因数，inter为两者交集的基因数。 这里需要解释的是代码phyper(inter-1, a, 20...
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利用Tbtools提取Fasta序列1.打开软件--Fasttools----》Fast Extract(recommended) 2. 建立基因组索引 3. 设置输出数据路径 4...
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提取Rice RNA-seq Database（南方科大）数据1. 数据来源于这个网站，下载水稻所有RNA-seq数据 2. 准备自己的基因IDs文件, 注意基因是一行，而且空格隔开。 3. 利用脚本提取所...
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使用linux
普通服务器运行nohub 丢到后台，关掉电脑不会断，& 后台运行，1>Test.log 2>&1 错误和运行日志输出到Test.log。 可以...
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peaks差异分析1. 获得peak集 这里的逻辑是：把四个样品合并，call peaks，然后获得peaks文件与前面idr 处理后的peaks进行overla...
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IDR分析
由于IDR分析比较严格，所以要是打算进行IDR分析的话，call peaks时候 设置阈值时候选择p值，且p < 0.01即可 参考：基因课--...
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ChIP-seq 质量检测1. Call peaks 并去除blacklists 2. 计算文库复杂度 #注意这里采用的是未过滤的bam files。 3. 计算FRI...
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TE_注释1. 利用RepeatMasker 对基因组进行注释 2. 结果转换为 bed 格式 物 种 选 择 RepeatMasker 支持的物种可以...
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数据前期准备----基因组数据和注释文件处理包括fasta文件处理，以及gff3转gtf，gtf转bed文件 1. 下载数据 2.基因组序列处理 2.1处理前 2.2 处理后 3. 构建 ...