软件简介 Hadley Wickham编写的ggplot2[https://ggplot2.tidyverse.org/]是出色且灵活的作图软件...
Seurat简介 Seurat[https://satijalab.org/seurat/]---几乎是当前单细胞RNA-seq分析领域的不...
简介 目前单细胞数据分析有不少的挑战,比如稀疏矩阵,超高维度数据降维,批次效应校正,聚类算法的选择,多组学数据整合等挑战。有需求就需要造轮子...
项目需求 近期在处理单细胞项目数据,想对基因和read数构成的矩阵文件做进一步的处理,比如删除一些指定基因,删除一些指定细胞,查了一些材料并...
SCENIC是一种同时重建基因调控网络并从单细胞RNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (...
简介 由于单细胞数据的高维度,基因长度差异,覆盖度差异及实验过程中的偏好性等因素,对前期数据进行有质量的标准化,对后续分析结果解读至关重要。...
作为生信入门训练,我们常用perl python等脚本语言实现对基因组文件的处理,练习常规的文本文件处理。最近再做单细胞方面的技术开发,需要自己...
对于评估单细胞捕获率,通常需要结合群体细胞技术,在同一区域查看单细胞信号捕获情况,直接上图了解一下。 对于这种图如何来做的呢?接下来将一...
加载数据 此插图强调了一些在Seurat中执行差异表达的示例工作流程。出于演示目的,我们将使用在第一个指导教程中创建的2700 PBMC对象。您...