发简信
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构建自己物种的orgDb
1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下，同时也可以用里面的脚本download_eggnog_data.py...
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基因家族分析一(NBS基因家族鉴定)一：准备文件 1. 拟南芥的基因组，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜寻pep文件 3.利用clustalw进行多序列比...
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linux版本mrbayes和iqtree跑多基因树基本思路就是利用phylosuite软件下载序列，串联寻找mrbayes和iqtree软件的模型，然后用多线程的mrbayes和iqtree跑树...
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phylosuite提取叶绿体蛋白编码基因构建Ml树1.利用phylosuite软件根据NCBI号提取genbank格式的序列文件 file--input file...or ID(s) ---在...
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对组装之后的三代基因组进行polish
一：利用pilon软件进行二代数据对三代数据polish 1.下载最新的pilon包 编译的时候发现报错 可以看到这里执行java的版本低于被编...
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WGD全基因组复制一：软件安装 二：程序运行 1.wgd mcl鉴定基因组内的同源基因 输出文件夹里面有两个文件： *.tsv: BLASTP的outfmt6输出...
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利用氨基酸计算mcmc分化时间1. 多序列比对文件转phylip 树文件，在orthofinder下面由物种树直接拷贝，删除枝长。 3.修改ctl文件 4. 运行第一次mcm...