发简信
IP属地：宁夏
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肿瘤TMB的计算原理和数学模型
美国FDA目前批准了3个检测肿瘤TMB（ tumor mutation burden）的方法：Omisc Core WES、MSK-IMPACT...
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第8章 线性模型概述
8.1 背景介绍 limma软件包使用称为线性模型的方法来分析设计的微阵列实验。这种方法允许分析非常一般的实验，就像分析简单的重复实验一样容易。...
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第4章 读取微阵列数据4.1 本章范围 本章涵盖除Affymetrix以外的大多数微阵列类型。从Affymetrix GeneChips读取数据，请使用affy，gc...
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第9章 单通道实验设计
9.1 背景介绍 与早期的微阵列不同，大多数数据现在都是单通道类型。单通道数据来自流行的微阵列技术，如Affymetrix，Illumina或A...
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第2章 序言
2.1 引用limma Limma执行了作者和合作伙伴的一系列方法论研究。在出版物中使用limma软件的结果时，请尝试引用适当的参考文献，因为引...
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Bioinformatics Data Skills第十章 使用序列数据 生物信息学的核心问题之一是处理大量的（通常定义糟糕或模糊）文件格式。久而久之，一些特定的简单的人类可读的格式成为了事实上的...
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第7章 过滤
我们通常建议将微阵列平台上的所有探针进行标准化处理。 对于下游分析，通常需要删除那些看起来在任何实验条件下都不表达的探针。这被称为过滤。我们一般...
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第6章 双色数据预处理6.1 背景校正 默认的背景校正是从每个点的前景强度减去背景强度。如果RGList对象没有经过背景校正，那么normalizeWithinArr...
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第5章 质量评估在任何微阵列数据的分析中，一个重要步骤是检查该阵列数据的质量。对于双色阵列数据，一个重要步骤是查看每个阵列未标准化数据的MA曲线。plotMD(...