发简信
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RNA-Seq：从fastq到表达矩阵一、测序数据的准备 新建工作目录，RNASeq-analysis mkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/ ...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（下）最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面...
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RNA-Seq data analysis数据准备 数据来源 测序下机数据 直接进行质控和后续分析； 已发表数据 以“The PP2A-interactor TIP41 modulate...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative)...
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GATK做变异检测
一、测序数据的准备 新建工作目录，GATK-analysis 新建data文件夹；mkdir data 1.1 公司返回的测序下机数据 例如：6...
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睡莲基因组与开花植物的早期进化今天分享一篇文献，来自去年12月张亮生团队发表在nature上的一篇文章：The water lily genome and the early...
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RNA-Seq：差异表达分析及可视化上一篇已经系统介绍了有参RNASeq上游分析，从测序数据fastq文件到最终生成表达矩阵。这一系列基本都是RNASeq通用常规分析，其下...
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mysql数据库安装及OrthoMCL使用直系同源基因是伴随物种分化事件而产生，而旁系同源基因是由复制事件所产生。目前，随着基因组测序的快速发展，直系同源基因的检测变得越来越重要...