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Seurat：计算cluster的细胞比例和绘制堆叠条形图
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细...
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Seurat （v3.0）object的结构组成assay的slots主要有6个： counts：主要是 counts或者TPKM的raw data，未经normalized data：是经过...
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如何将Seurat3.0版本的object转换为monocle的CDS
之前Monocle2直接输入Seurat object只适用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的is...
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找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析
单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析 需要R包：S...
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R包Seurat instruction3 聚类分析1.聚类细胞 将细胞嵌入到图形结构中，如KNN图形（k-nearest neighbor），绘制相同基因表达模式的细胞，尝试将图形分成高度互相关...
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R包Seurat instruction2 主成分分析2019-2-1 来自Seurat官网https://satijalab.org/seurat/ 主成分分析 1.进行降维分析 用上一步缩放的数...
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用Seurat移除细胞周期的影响
如何用Seurat去除细胞周期对下游分析的影响? 首先，我们基于G2/M和S期的标志物表达给每个细胞赋值评分。这些标志物集合与他们的表达水平应当...
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R包Seurat instruction1数据处理
2019-2-1 来自https://satijalab.org/seurat/ 1.启动Seurat library（Seurat） libr...
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