1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据，但是V3环境中导入V5环境会报错（缺依赖包）。目前有两种方式新建R对象...
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seurat V5升级：一些常见报错 -
Seurat V5升级：sketch-based分析后DotPlot图报错解决最近在研究seurat v5的数据处理。测试的时候发现使用seurat v5包对大数据进行sketch-based抽样分析之后，后续使用DotP...
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cellranger参考数据库gtf过滤（替换和删除）
cellranger在建库之前，有时候需要对GTF文件进行编辑修改。 比如为了后续在Seurat中使用正则匹配去除线粒体的基因，就需要修改原来G...
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从cellranger的h5文件中提取数据参考链接： https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/softwa...
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cellranger参考数据库gtf过滤（过滤gene_biotype）
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/...
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AnnData对象处理AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。 1、认识结构 基本结构如下： 参考链接：https://cellg...
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seurat对象中gene symbol的替换（自定义R包）
我们在处理seurat对象的时候经常会发现R对象会自动把我们的gene symbol给替换掉，比如所有的下划线被替换成了短横线。会出现如下war...
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小鼠和人的同源基因对应在使用cellphoneDB和italk进行细胞通讯分析时，发现小鼠的结果很少或奇奇怪怪。查了下网上大家的一些解决办法，发现将小鼠的基因转成人的...
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seurat对象处理Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。seurat对象的处理是分析的一个难点，这里我根据我自己的理解整理了下常用的seurat对象处理的一些...
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garnett细胞注释（基于monocle3）Garnett is a software package that faciliates automated cell type classi...
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单细胞测序相关学习资料总结和整理，欢迎大家来讨论~
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