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RAxML建最大似然树教程（Linux）
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2023-07-21 变异位点(snp,indel)检测-GATK，snpEff
软件安装 根据INDEL信息批量设计引物 SnpEff注释软件安装 如何去除indel位点？gatk如何统计某个变异位点频率？https://b...
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2023-07-21 IsoSeq3利用pacbio测序数据进行全长转录本序列分析
使用IsoSeq3利用pacbio测序数据进行全长转录本序列分析，为了得到更准确的基因注释作准备，但价格昂贵，且无法进行表达量分析
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GWAS | 4.群体遗传结构、PCA、进化树
所有的分析都需要对snp进行LD过滤 常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分析等。 1、admixture...
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SnpEff使用方法
SnpEff使用方法 SnpEff 软件通过基因组结构注释数据（GTF文件），对VCF文件中的SNP/InDel信息进行注释，即主要解释了SNP...
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全基因组重测序数据分析
注：本次使用的数据为不同品种李子重测序 1.准备工作 首先下载相应的参考基因组及注释文件{本次使用的参考基因组为三月李的，参考基因组从蔷薇科植物...
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同源基因鉴定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree
写在前面 写这个贴子纯粹为了记录一下自己的双面打工人的生活，然后再总结一下自己的工作方法还有哪些地方存在问题，希望下次再遇到这些小问题的时候可以...
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2023-02-08对候选基因(GWAS\转录组)进行GO注释（气泡图和柱形图）目前网上的教程大多是模式植物，或者是非模式物种的重新构建的教程。今天分享一个新的方法，对非模式植物研究中获得的基因（例如：GWAS、转录组差异基...
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生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的基因搜索蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域，寻找在蛋白数据库中上是否也有...
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QTL定位：Rqtl2输入文件
Rqtl2是Rqtl的加强更新版，可以更好地处理高维数据和复杂的群体设计，对于图形输出也有了较强的改善。 0.功能概述 Rqtl2所有功能的简单...
专题公告
对群体遗传学的基础概念及相关分析，如系统发育研究，PCA（主成分分析）、群体结构分析、亲缘关系、基因流等进行介绍，旨在搭建一个群体遗传学研究的学习平台。
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