今天介绍如下三点内容: PCA是如何计算的 如何计算每个PC所能解释的方差 特征值与PC解释方差比例的关系 1. 使用R语言自带函数prcomp...
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PCA计算原理（超简单，R代码） -
GWAS基石---混合线性模型使用混合线性模型（linear mixed model)做GWAS可以有效校正群体结构和群体内复杂的亲缘关系。因此，目前绝大多数的GWAS都...
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使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模...
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使用qqman包绘制曼哈顿图和QQ图安装并加载所需R包 基本数据格式：SNP名称，所在染色体，SNP位置，Pvalue值 绘制曼哈顿图 基本使用 常用参数 默认绘图 绘制QQ图 默认绘图
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关于全基因组关联分析（GWAS）
全基因组关联分析是一种在人类或动植物全基因组中寻找变异序列的方法，全英文名为Genome-wide association study，缩写名为...
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全基因组数据分析完整流程+外显子测序数据分析例子但如果没条件的话，可以尝试利用现有的数据（比如：千人基因组项目，GIAB http://jimb.stanford.edu/giab/等）复现它...
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绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度...
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2018-10-31 GWAS实战（三）plink 进阶之认识常用文件格式学会了基本的plink之后，就要开始学习了解输入文件的格式了。详细的格式建议看官网因为之前以及接触过几次，这里来个详细的归总主要认识 ped m...
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2018-11-01GWAS实战（四）plink 进阶之数据过滤数据好不好，影响到结果的准确性，所以我们要来对数据进行过滤，过滤前，我们应该对数据的部分特征进行统计描述，以此为依据来进行过滤。 这里介绍的几个...
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2018-11-02 GWAS实战（五）plink 进阶之数据过滤一条命令
之前讲了太多的很细的数据分析和过滤，在实战中，一般可以把命令写在一起。 这张图片对比了数据summary和数据过滤的命令之间的差异。 对于我们自...
专题公告
GWAS数据分析
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