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R语言实现Alpha多样性指数的计算
R语言实现Alpha多样性指数的计算 上次我们已经使用R语言来对OTU表的抽平分析，那么我们如何使用抽平后的OTU表来重新计算Alpha多样性呢...
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R语言计算多样性指数的平均值和方差R语言计算多样性指数的平均值和方差 在16s RNA高通量测序后，我们经常要对样本进行Alpha多样性指数分析，所以经常要计算Alpha多样性指...
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R语言实现OTU表的抽平分析
R语言实现OTU表的抽平分析 好久没有更新文章了，抱歉，今天我们先来讲一下抽平。相信大家平常在16s RNA 测序后，一般都会对测序数据划分后生...
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非约束排序4 对应分析（CA）
第五章 非约束排序4 对应分析（CA） 1. 对应分析概述 对应分析（correspondence analysis，CA）是分析物种有-无或多...
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Alpha多样性指数求标准差及平均值
Alpha多样性指数求标准差及平均值 现在使用高通量测序技术来对微生物群落来进行测序分析已经发展很多年了，在论文中经常有使用到Alpha多样性来...
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ggplot2绘制-堆叠柱形图参数细讲
ggplot2绘制-堆叠柱形图参数细讲 昨天我们主要说了如何使用群落微生物的物种属水平丰度表来绘制堆叠柱形图。但是昨天没有对ggplot2来绘制...
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绘制堆叠柱形图（ggplot 2）使用群落微生物物种丰度表数据
群落微生物物种丰度表-绘制堆叠柱形图（ggplot 2） 今天我们先来讲一下如何利用细菌群落的高通量测序数据来绘制堆叠柱形图来展示不同样品中优势...
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非约束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger转化的数据以及其他内容第五章 非约束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger转化的数据以及其他内容 由于前几天电脑被我捣鼓坏了，今天才修好，所以这几天就没...
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非约束排序2 主成分分析（PCA）第五章第五章 非约束排序2 主成分分析（PCA） 今天我们来学习一下赖江山老师的《数量生态学：R语言的应用 第二版》第五章的正式内容了，今天主要讲的是...