-2. 仅作笔记，仅介绍软件的使用，不涉及原理 -1. 使用的是SNP的数据/vcf文件 https://github.com/DReichLab/AdmixTools 0....
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Admixtools的使用 - 以D统计和f4统计(qpDstat)为例 -
从群体基因组数据推断祖先
最近看了一篇综述，粗略翻译一下文献：Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from population genomi...
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LInux命令行光标移动
当在Linux命令行中操作时，以下是一些常用的光标操作技巧：移动光标到行首：Ctrl + a移动光标到行尾：Ctrl + e移动光标到上一个单词的开头：Ctrl + ←移动光...
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R绘制优美的进化树（基础）这篇文章主要是介绍绘制进化树用的ggtree以及一些拓展包的基础用法，因为gg系列绘图的逻辑基本是搭积木，这种介绍性的文章能够帮助快速的找到想要的“积木”以及拼接的方法，剩下...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
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用R语言对vcf文件进行数据挖掘.10 利用vcf信息判断物种染色体倍数目录 前言[https://www.jianshu.com/p/729673778e43] 方法简介[https://www.jianshu.com/p/d9bd081763...
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不好意思，我没有报过这个错，不过你可以检查seqid和layout文件，这两个文件不要在Windows系统生成，你直接在linux系统中复制粘贴。
[比较基因组] 共线性分析（jcvi）
jcvi软件的使用 官网[https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/300] 软件下载 3 测试数据下载（下载前去Phytozome...
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PLINK+TASSEL做GWAS+Post-GWAS分析此视频来自B站，是非常好和全的的一个GWAS操作的视频，从开始准备软件下载，数据过滤，到最后的候选基因注释。GWAS的实战视频https://www.bilibili.com...
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Linux中安装R包pophelper
R包版本首先使用conda下载devtools 进入R并使用devtools下载pophelper 如图 成功安装pophelper包 下载指定版本的包
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【Linux小笔记】无root权限时如何安装软件
在服务器上经常遇到需要安装某个软件包的时候发现需要root权限才可以执行编译以进行安装。那么除了向管理员申请superuser的权限这样比较麻烦的处理以外就需要掌握如何在没有...
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构建系统发育树：贝叶斯法建树写在前面：我对建树也是一知半解，这里只是想记录一下自己跟别人学习的建树方法，可能不具有普适性。但毕竟写在公众平台，大家选择性参考。 主要的步骤包括用jModelTest来选择...
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序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读，见前三篇分享： 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jianshu.com/writer#/not...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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单体型图谱简介（1）单体型概念及起源 单体型的概念 一个染色体区域中所有相关联的SNP等位基因的集合或位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称为一个单体(haplotype)。 如：...
