@易安_736f 可以的，可以在数据中的类别名称修改，或者在 facet 函数里面设置 labeller
R 数据可视化 —— ggplot2 分面前言 分面的作用是在一个页面上自动放置多幅图像，它先将数据划分为多个不同的子集，然后分别将每个子数据集绘制到页面的小图形面板中。 ggplot2 有两种分面类型： 网格型 —...
发简信
IP属地：台湾
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@YannC 不要对列进行聚类和分割
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)
前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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比较Hi-C数据分析的计算方法基于Hi-C数据的深层挖掘和多组学联合分析已经成为了三维基因组领域的重要组成部分。而工欲善其事必先利其器，夯实基础方能垒砌高台。染色质构象各个层级的识别和鉴定的准确性会直接影...
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增强子和启动子真的是两种完全不同的调控元件吗？【Nature Reviews Genetics】文献阅读这篇文献学习笔记分享的是一篇有关于增强子和启动子的综述。文章在今年2月发表在了Nature Reviews Genetics。这是一篇长笔记，没有时间看的同学可以收藏起来慢慢...
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@4d47ba4ad5b2 版本不对啊，3.6是多少年前的版本了
TCGA 数据分析实战 —— 干性指数（mRNAsi、mDNAsi）
前言 干细胞(stem cells, SC)是人体内具有自我复制和多向分化潜能的原始细胞，而这种自我更新和分化为成熟细胞的能力称为干性 肿瘤干细胞 (cancer stem ...
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@里卡 0.1 太小了，0.5 试试吧
TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析
前言 前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充 主要介绍一下 GEVA、ssGSEA 和单基因的富集分析 GSVA 我们知道，GSEA 富...
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@里卡 model.RNA <- gelnet(X.sc, NULL, 0, 1) 这步才是构建模型
TCGA 数据分析实战 —— 干性指数（mRNAsi、mDNAsi）
前言 干细胞(stem cells, SC)是人体内具有自我复制和多向分化潜能的原始细胞，而这种自我更新和分化为成熟细胞的能力称为干性 肿瘤干细胞 (cancer stem ...
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@邦_253f https://api.gdc.cancer.gov/data/77fbfff6-2acc-47ca-a5f6-c488beb46879
TCGA 数据分析实战 —— CNV 与突变
前言 在介绍完 TCGAbiolinks 的查询下载和数据分析功能之后，我们简单展示几个示例，来练练手，加深对这个包的理解和使用 我们主要从： 基因组 转录组 表观组 3 个...
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@22c57e9727b3 可能你数据下载不全，染色体数量对不上
TCGA 数据分析实战 —— CNV 与突变
前言 在介绍完 TCGAbiolinks 的查询下载和数据分析功能之后，我们简单展示几个示例，来练练手，加深对这个包的理解和使用 我们主要从： 基因组 转录组 表观组 3 个...
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@烟尘花锁眉 目前没看到过
R 数据可视化 —— 用 gtable 绘制多个 Y 轴
前言 经过前面一节的介绍，我们对 gtable 布局应该有了较为清晰的认识，下面让我们来看看 ggplot 对象的布局 首先，使用 ggplot 创建一个图形 获取 ggpl...
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R 数据可视化 —— 对角线分割热图前言 不是在帮人解决问题，就是在解决问题的路上~~~。 之前所介绍的热图，其每个颜色块都是一个矩形，而今天要介绍的是如何绘制对角线分割热图。也就是每个颜色块矩形被对角线分割为...
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R 数据可视化 —— 绘制多个 Y 轴（补充）前言 上一节所介绍的绘制多个 Y 轴，只能在图形的右侧依次添加 Y 轴。 在 Y 轴数量过多的情况下（当然，轴不应该太多），将轴平均地放置在左右两侧会更美观些。 因此，这节主...
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R 数据可视化 —— 用 gtable 绘制多个 Y 轴前言 经过前面一节的介绍，我们对 gtable 布局应该有了较为清晰的认识，下面让我们来看看 ggplot 对象的布局 首先，使用 ggplot 创建一个图形 获取 ggpl...
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R 数据可视化 —— gtable 介绍前言 多次有人问我，如何使用 R 来绘制多个 Y 轴。那我就研究了下，稍微介绍一下学习所得。 当我们需要展示的数据，包含相同的 X 轴，但是具有两个不同的 Y 轴变量时，我们...
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R 数据可视化 —— ggforce（注释和分面）接上一节内容，这一节主要介绍 ggforce 提供的分组注释以及分面功能 3. 分组注释 ggforce 提供了一个很方便的分组注释功能。例如，我们想展示不同种类的鸢尾花在花...
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@隔壁老黄 直接根据标签分不就好了
TCGA 数据分析实战 —— TMB 与免疫浸润联合分析
前言 近年来，随着免疫检查点抑制剂的兴起，大大改变了传统的肿瘤治疗策略，尽管 PD-L1 和 dMMR 的检测都获得了 FDA 的批准，提高了免疫药物的响应和获益，但它们都有...
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@涅槃_f733 是
TCGA 数据分析实战 —— 干性指数（mRNAsi、mDNAsi）
前言 干细胞(stem cells, SC)是人体内具有自我复制和多向分化潜能的原始细胞，而这种自我更新和分化为成熟细胞的能力称为干性 肿瘤干细胞 (cancer stem ...
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R 数据可视化 —— ggforce（线条）接上一节内容，继续介绍 ggforce 包的使用 2. 线条 线条一般用来连接点或作为路径，线条的种类有很多，每种类型的线条提供了不同版本的函数，可以用来设置线条的渐变色、线...
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R 数据可视化 —— ggforce（形状）前言 ggforce 是 ggplot2 的一个扩展包，提供了许多自定义的工具函数，可以更方便地为图形添加不同的形状、线条等注释，更灵活的分面图形绘制 使用 安装使用 1. ...
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R 数据可视化 —— ggpol前言 ggpol 是 ggplot2 的一个扩展包，添加了一些图形。主要可以绘制 parliament diagrams（议会图），也可以方便的绘制金字塔图，以及箱线图和散点...
