本教程解决以下问题： 求一个变量（如loss值）关于某个变量的梯度值是，即便变量的requires_grad属性设置成True，该变量的grad还是等于None。 介绍 如果...
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Torch requires_grad / backward / is_leaf 的一些坑 -
使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装工具，包括三个模块， Inch...
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keras.utils.plot_model
报错信息：、、、('You must install pydot (pip install pydot) and install graphviz (see instruct...
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表位预测软件NetChop、NetCTL、NetMHC及IEDB的使用
1. 网页版工具地址 Predictions of proteasomal cleavage： NetChop 3.1 Server：http://www.cbs.dtu.d...
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matplotlib：根据gtf文件画出基因全部的转录本结构根据gtf文件画出某个基因全部的转录本结构 http://www.biotrainee.com/thread-624-1-1.html 此片段改编自生信技能树论坛生信编程直播...
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Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）FIMO官网教程 官网：这里[http://meme-suite.org/doc/fimo-tutorial.html?man_type=web] （一）什么FIMO？ FI...
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Motif可视化——从PFM矩阵到sequence logo
Sequence Logo是如何画出来的呢？ 作者：snail审稿：童蒙编辑：amethyst 计算PFM 还是以MEME example中第一个的Motif结果[https...
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Motif中的PWM矩阵PWM矩阵是表示motif的一种方式，全称是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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ggplot2一页多图排版的简便方法更好的阅读体验>> 要想在同一页面上排列多个ggplot2图形，基本的R函数par() 和 layout()是无效的。解决方案之一是使用 gridExtra包中的一些函数来排...
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ACMG指南解读笔记（0）- 定个小目标
好久没有更新内容，照理来说对于call出来的SNVs/INDELs，下一步的工作就是筛选了，一般的筛选方式大体会有这些步骤： 保留数据库中已报道的致病位点（Clinvar、H...
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CLIP、RIP-seq讲座视频笔记系列笔记基于达澈生物讲座视频，从中初步学习了解生信分析中常遇到的组学分析技术。ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记 - 简书 [https://w...
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canu - 三代测序组装工具canu - 三代测序组装工具 本文大部分参考来自于大神hoptop - 「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装的简书，在此说明一下。 最近由于需要组装三代的数据，...
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「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
软件安装 官方提供了编译好的jar包，方便使用 如果要顺利运行程序，要求JAVA > 1.7, 以及根据基因组大小而定的内存，一般而言是1M大小的基因对应1GB的内存。 总览...
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基因突变检测之Mutect2写在前面的话 今天是2021年1月3号，年底一番瞎忙活，停更了好长一段时间的简书。人生中有个很重要伯乐导师告诉我，在这个事多的工作环境下，没人愿意看你太多的废话。直奔重点才是...
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SyRI：一款从组装的基因组中检测结构变异的实用软件简介 SyRI，全称Synteny and Rearrangement Identifier，是一个使用 whole-genome assemblies（WGA）预测基因组之...
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random.randint()与np.random.randint()的区别
先来看看random.randint()方法： 再来看看numpy.random.randint()方法： 看出有什么不同了吗?random.randint()方法里面的取值...
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python 使用sklearn 绘制Precision-Recall曲线
# Precision-Recall 曲线 Precision-Recall可以用于分类任务的评估。当样本非常不平衡时，Precision-Recal是一个很好的模型度量标准...
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python 使用sklearn进行ROC分析
# ROC 曲线 ## 准备数据 ## 绘制ROC曲线 自定义图元素 ## 计算AUC 使用yardstick包进行ROC分析[/p/182f4b25ca4c]使用 pROC...
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star: 比对RNA-seq到参考基因组获取剪切事件
# 安装 ## 编译 ## 或者使用conda 上面从源码编译的方法太慢，或访问github网络不稳定情况下，可以使用conda； ## 检查安装是否成功 # star 基本...
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salmon：从RNA-seq数据中定量转录本
Salmon 主要用于从RNA-seq数据中计算转录本的丰度。 # 安装 # 基于Salmon分析RNAseq数据 ## 获取转录组和建立索引 使用Arabidopsis t...