本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包,先生成随机数据: data1如下: 查看数据范围: ...
GATK现在最新的稳定版已经到了3.8,测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的,但核心算法与4.0的差异不大,4.0主要整...
WGCNA分析基于两个假设:1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路,2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点,可以将基因网络...
网络爬虫(web crawler),也叫网络蜘蛛(spider),是一种用来自动浏览万维网的网络机器人。其目的一般为编纂网络索引。各大搜索引擎都...
倾向性评分匹配(propensity score matching, PSM)主要是在随机对照试验(Randomized controlled ...
本期介绍一个测序质控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据.比如一些基本模块;检查序列质量...
我们之前已经介绍过如何《使用xcell根据表达谱推断样本组成细胞的类型》,具体思路就是根据已知细胞系的表达谱,计算每种类型细胞的特征基因表达,然...
好久没有使用Dock了,不知不觉中已经更新到了6.8。首先需要在官网填写资料下载:http://dock.compbio.ucsf.edu/DO...
Ray ray将会创建一个现在的框架图像的渲染(ray-traced)图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图,其实ray有...