作为生信菜鸟，虽然之前用 R 画了不少图，但经常是现用现学，感觉 R 的知识不系统，之后系统的学习一下 R 语言。在这里把读书笔记整理出来，入门书籍包括《R 语言编程艺术》、《ggplot2：数据分析与图形艺术》、《R 语言实战》、《R 语言与 Bioconductor 生物信息学应用》。
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记录数据分析过程中遇到的那些让我涨知识的坑，生信札记
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NGSCheckMate: 验证相同和不同维度 NGS 数据的一致性
当一个 NGS 项目中对同一个样本进行了 WGS 和 RNA-seq 测序，或者对同一个肿瘤患者的肿瘤组织和癌旁组织同时进行 WGS / WES / RNA-seq / Ch...
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随着人类基因组测序技术的飞速提升、生物医学分析技术的快速发展和大数据分析工具 的日益完善,我们正进入全新的医疗健康时代——精准医疗。精准医疗是一种基于“个人”的 定制医疗模式,其以个体的组学信息和遗传信息为基础,以环境、生活方式、既往病史及诊 疗方式等为跟踪对象,搜集全方位、可量化、有前瞻性和时效性的个体数据,通过数据的综 合分析、挖掘形成有价值的医学信息,最终设计出针对个体的最优解决方案。
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#分子模拟#分子对接工具iGEMDOCK安装及功能简介iGEMDOCK是一个台湾产的分子对接软件，其优势是简单易用，对接准确度较高，可以用于初筛和精度对接，也可用于金属对接（注：未试）。最后更新为2008年，但对接软件近几年发展...
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GATK 模块 CombineVariants 合并多样本 VCF 时 AD 字段缺失问题
tags： gatk bug 问题发现 我用 GATK 模块 CombineVariants 合并了 12 个样本的 VCF 文件，之后发现部分位点 FORMAT 字段缺少了...
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CentOS 7 安装配置 Texlive2017
tags： linux centos latex texlive 下载安装镜像 - Texlive2017 Texlive 是 Tex 的一种比较流行的发行版，windows...
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LaTex 学习笔记
为了解决自动化报告之类的问题，测试了几种不同的方案之后，我选了 LaTex。利用 LaTex 生成 PDF 文档可定制性强，排版精美，虽然不像 HTML 可以互动，但是 La...
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用泊松分布解释 NGS 测序数据的 duplication 问题
tags： NGS duplication 不管从哪个角度看我们都希望测序仪产出的数据中 duplicate 率尽量低。怎样降低 duplicate 率？ 构建文库时，核酸提...
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用一年的时间学会一门语言整理/Mr楠先生 导读: 美国姑娘 BELLE BETH COOPER 她简直就是活在你新学期计划里的人物 一位典型的“晨型人” 从不拖延自控力强 最近她写了一篇很火的文章 ...
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高度自律的生活，你敢吗？文/北府涵 1. 我经常认识到生命有限，我想做的事情还有很多，我应该珍惜时光，在我脑力最好的状态下做最多的事情。 同时我也经常有一种想法，就是趁年轻多玩会。这两种想法一直和平...
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一缕墨香伴清茶。 散文专题投稿须知： 1.字数适量。散文虽形式灵活篇幅短小，但字数太少者请改投诗专题。 2.排版简洁为好。请用段落间空行取代段首空两格。 3.语言优美形散神凝为佳。请尽量保证文章质量，首先得是散文吧。 4.谢绝密集投稿。为了读者和您有更好的专题体验，勿频繁投稿。 5.禁投广告。请不要在文章任何位置（尤其是图片）显示公众号、电话、微博、博客、QQ、二维码等信息。 6.鄙视抄袭。做复制粘贴的搬运工是非常low的表现，请你尊重原创和自己。 最后，无视最后两条者，轻者秒拒，重则拉入黑名单，稿件再不录入。 欢迎加入简书官方散文群。方法：添加主编微信xiuling0214,注明简书散文等待邀请。 专题主编：刘秀玲 http://www.jianshu.com/users/470f33ea0c92/
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借一斑略知全豹，以一目尽传精神。 投稿须知： 1.本专题收录各种类型短篇小说，内容须言 之有物。 2.内容须为原创，结构完整（未完待续及连 载小说请勿投）。 3.字数要求：三千字以上，三万字以下。 4.文章排版整洁，段落分明，无明显错别 字。 5.优秀短篇，编辑将会手动加入短篇小说月刊专题，并邀请加入优秀作者群。 更多投稿要求请点击《短篇小说专题投稿指南》https://www.jianshu.com/p/e46829ef7a33 专题主编：苏小飞 https://www.jianshu.com/u/7ef36743bc26 申请短篇小说专题群交流学习，请添加主编苏小飞微信13953505883，编辑李布波微信18764407758。加微信请备注“短篇小说群”。
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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Linux 下提升生物信息分析工作效率的神器（持续更新）
tags： fastq clumpify linux pigz axel Ctrl+R 子曰：“工欲善其事，必先利其器。” 多线程超快速压缩工具 pigz pigz 是 li...
