IP属地：四川
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配置我的第一个黑苹果（Hackintosh）1.硬件配置 按照 tonyx86mac 网站推荐进行硬件选配。 配置单如下： 这是我最初的配置单，最终由于购买不方便，还是做出了一些调整，当然...
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绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度...
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玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因组关联分析是基于数量性状连锁不平衡理论，通过表型与基因型关联分析获得影响表型性状的显著关联标记。 1. 软件 Tassel / Gaipt...
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一步一步学会撰写SNP Calling 流程（二）3.1 DNASeq 数据分析SNP/Indel 策略 策略一： BWA + Samtools /Picard + GATK 1) BWA 比对...
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测序数据过滤上一节我们对原始数据进行了质量检测，对于质量比较好的数据我们可以直接进行后续分析，而对于一般质量的，或者质量较差的，我们就需要对数据进行进一步的...
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文献解读--通过RNA测序解析玉米籽粒复杂的调控网络1. 文章概述 本篇要解读的文献是一篇发表较早，却比较经典的文章。是2013发表于 Nature Communication 上的一篇 eQTL...
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一步一步学会撰写 SNP Calling 流程（一）
1. 概述 高通量测序原则上是测序深度越高越好，但是受制于测序费用，我们就需要在地深度的测序数据中开辟一片最大利用率的分析策略。 分析流程我们主...
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相关性作图代码（搬运整理）1. 相关系数的显著性水平（Correlation significance levels (p-value)） 2. 相关性热图 3. 相关性...
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生信笔记系列之序列提取--根据 GTF 提取转录本
今日再来一发，根据 gtf 文件提取 fasta 序列。 其实转了一圈，才发现我做的工作，前人已经做过了，而且比我做的好。该程序类似于 cuff...