• 120
    Python 脚本提取基因组指定位置序列

    测试fasta文件(无提取码):https://pan.baidu.com/s/1yYQNxty5hBdcpoA8xkrQUg 示例脚本(提取码...

    0.8 4170 5 13
  • GATK4.1 call SNP

    GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本链接在:htt...

    2.1 863 0 10
  • samtools merge命令

    samtools merge命令的功能描述: 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个...

  • 120
    GWAS 数据格式说明

    全基因组关联分析(GWAS)大家都不陌生,今天我们给大家介绍下各种格式之间转化在R语言是怎么实现的。首先我们来看下GWAS都有哪些数据格式: 1...

  • Win10安装R3.6.2、DESeq2

    由于ubuntu下安装R最新版一直失败,各种尝试均不奏效,只能选择在windows下试一试,结果一路OK。 Windows安装R 下载R的win...

  • bedtools批量提取基因组指定位置序列

    bedtools批量提取基因组指定位置序列 之前已经介绍过很多提取序列的方法,有脚本的也有软件的,这里再介绍一种方法。 用到软件是bedtool...

  • 120
    转载:python PyVCF文件处理VCF文件格式

    vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息。通过对vc...

  • 120
    NCBI批量下载SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件

    准备工作:先下载安装IDM(百度:internet download manager,收费软件,有绿色汉化版),IDM支持断点续传和多线程,并且...

  • hisat2的使用

    利用hisat2 构建索引

个人介绍
山东省花生研究所