Clip 的含义 Clip 作为名词讲,有剪下来的东西的意义,在SAM/BAM 比对文件里面,用于描述那些一条序列上,在序列两端,比对不上的碱基序列(还是很形象的,一条上比对...
Clip 的含义 Clip 作为名词讲,有剪下来的东西的意义,在SAM/BAM 比对文件里面,用于描述那些一条序列上,在序列两端,比对不上的碱基序列(还是很形象的,一条上比对...
一般使用 CMplot 绘制SNP密度图:包链接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图,仅仅需要三列即可:a. 第...
synvisio在线工具 链接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.github.io/]之前知道这个工具,但是没有搞懂...
表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测(Best Linear Unbiased Prediction,简称BLUP)可以对多环境数据进行整合,去除环境效应,得到个体稳定遗...
植物空间转录组分析1:Seurat基本流程 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/4d8b865a8bf7] 植物空间转录...
前言 目前我的课题是植物方面的单细胞测序,所以打算选择植物类的单细胞测序数据进行复现,目前选择了王佳伟老师的《A Single-Cell RNA Sequencing Pro...
作者:麦茬道审稿:童蒙编辑:amethyst 随着生物信息数据的爆发式增长,存储生物信息的文件格式也多样化起来,不同的文件格式往往有不同的目的:为了软件之间的兼容性;人类可读...
26. 词云图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用wordcloud2包绘制词云图 使用wordcloud2包绘制词云图 使用d3wordcloud包绘制词云图
Iso-seq基础概念,转载自https://blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505[https://b...
三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步,泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。其中,共线性分析是比较基因组学的重要组成部分,...
研究分子进化的一般思路 1、从细胞核到整个细胞2、从基因组到转录组/sRNA/蛋白质/表观遗传学等。3、从个体到人群 什么是进化? 只发生一次毫无目的地发生有过去的事件,但不...
文章仅是记录自己的学习使用,有错误请指出,我立刻改正! 官方说明:https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki[http...
PASA 安装perl 模块GD DBD::myqcl 1.利用cpan or cpanm安装总提示报错,未解决 再次利用yum install ‘perl(GD)' 安装成...
相信多倍体(polyploid)对于生信人的读者来说不会陌生。一般意义上认为,多倍体和基因组倍增(whole genome duplication)的涵义是相同的。这里的重点...
写在前面 之前介绍过使用EggNOG-mapper对非模式物种快速完成KEGG注释的推文https://mp.weixin.qq.com/s/kIf6C2u3FID3ZeLt...
系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息,我们可以利用它得到一些重要历史线索,如: 生物多样性(物种形成或灭绝); 物种性状进化与多样化(Character evoluti...
使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者对已有的工具进行很好的分...
AnnotationHub中没有本生烟草数据库,只好自己构建,再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder,这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单: 下载安装包之后 https:...