因为操作需要,我要把bed bim fam 文件反转成 vcf 格式查了查,发现plink 2 可以做 最开始我有三个文件 运行如下: 然后vc...
最近使用了CLC做分析,发现收费软件的速度真的是很快哇,而且可视化界面设计的很不错。但是我们也不能太依赖这些收费的软件,比如我先在得到了每个样本...
这几天一直在上海 北京交流,和很多实验室的老师同学一起讨论问题,感觉学到了非常多的知识。 虽然EigenGWAS 已经基本成型,在线网站 www...
作为一个统计遗传学实验室里的学生,怎么可以不会GWAS分析,虽然学的是生物信息学,但是每天听师兄师姐在那里讨论这个模型,那个矩阵啥的,多多少少有...
1创建数据库的文件夹 其实这一步很简单,为了方便,就在自己的主目录下创建一个db的文件夹,像这样 /public/home/yourname/d...
数据好不好,影响到结果的准确性,所以我们要来对数据进行过滤,过滤前,我们应该对数据的部分特征进行统计描述,以此为依据来进行过滤。 这里介绍的几个...
什么是基因的加性效应、显性效应、上位性效应? 基因的加性效应(additive effect) 用A表示指的是等位基因以及非等位基因间的累加效应...
其实应该好好理解一下这些分析背后的意义,但是我感觉我还是在跑程序。。 这一步主要做Alpha 和beta 多样性分析 还是中文版和英文版 一次参...
这一步我也是走了很多弯路啊,之前没有去掉引物和barcode,所以跑程序经常断掉。 我还在论坛发了一个帖子询问https://forum.qii...