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  • 镜像-docker转Singularity

    前言 docker镜像极大方便了软件的使用,但docker对于集群用户却不友好,所有命令都需要root权限。近期在集群使用singularity...

  • 根据VCF文件设计引物

    GitHub - Runsheng/primervcf: primderdiffer submodule: primervcf[https://...

  • 关于PhastCons和SIFT4G的使用

    由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列,以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性,经过一段时间的探索,对这两款软件已经有了...

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    利用三代转录本升级基因组注释(gff3)

    因为课题需要,我们在前期组装了一个基因组并进行了注释,但是存在两个问题,一个是没有考虑可变剪切,另一个是注释的基因并不准确,三代转录组的广泛普及...

  • 全长转录组更新

    ########更新版 minimap2生成的sam文件是没有header的,那使用samtools转bam并排序的时候会报错,这一部分可以自己...

  • conda的一些使用问题

    conda用起来有些小问题,之前一直未能解决,将这些记录一下 1 往集群投递任务同时激活conda环境 看资料上说是改配置文件啥的,改完之后也没...

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    单拷贝直系同源基因构建物种进化树

    最近用Orthofinder做物种进化树,最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大,在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系...

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    基因组共线性分析-JCVI

    由于忙课题的原因,断更了好久,虽然断更的时间内学习到了很多东西,但细想一下还是记录在自己博客里比较好,方便自己查阅也方便其他人学习 JCVI这个...

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