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  • 安装tables包遇到的问题

    partitionfinder2是使用python2编写的,因此安装它的依赖包必须都是python2版本的,其中tables就是一个安装比较困难...

  • 选择blast比对第一条best hit的结果

    blast的结果中每条contig都会有很多hit,最好不用max_target_hit这个参数,因为它输出的是数据库中top的序列而不一定是比...

    0.9 4532 2 9 1
  • CAFE输出结果整理2——提取特定Orthogroups里某个物种的基因名

    比较基因组分析很多时候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups来进行分析,然后得到一系列OG的ID,对于不同的物种,我们还需要在...

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  • Resize,w 360,h 240
    BLAST数据库构建过程中sseqid无法关联到staxids的问题

    blast本地数据库构建已经是一个很繁琐的事情了,比对NT或NR数据库还是会遇到各种问题:废话少说,先记录一下本地构建BLAST数据库: 下载安...

  • 根据一个匹配list,批量修改文件里的内容

    list文件里有两列,一列原字符串,一列替换字符串;文件里包含原字符串的内容,根据list替换掉,脚本如下:python substitute....

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    CAFE输出结果整理1

    cafe输出结果是很难整理的,虽然有脚本输出了各个物种的基因家族扩张收缩结果,每个物种是用数字代替的,而且结果都整合到一起了,现在需要单独提取某...

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    R install packages on linux

    当服务器上没有可视化的Rstudio时,又不想把文件传下来运行,则需要在服务器上安装相关R包 一般R的安装最好用conda安装:conda in...

  • python——提取fasta文件中10G的序列

    上面的脚本只能一个文件输入和一个文件的输出,适用于单端测序数据。对于双端测序数据,通常需要两个文件的reads数目是一致的,因此,我们需要同步输...

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    linux——nohup后台运行,ps查看等命令

    nohup和&搭配,后台运行命令 不挂断的运行命令:nohup Command [ Arg … ] [&]nohup的输出都将附加到当前目录的 ...

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不积跬步,无以至千里。