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  • 10x scaffolding系列3:使用tigmint纠错并进行基因组scaffolding

    背景介绍 这篇应该是10x genomics数据辅助基因组组装的最后一篇,tigmint也是这些软件之中效果最好的一个,属于压箱底的好工具。并且...

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  • 10x scaffolding系列2:ARBitR的使用

    背景介绍 目前就我所知的能用于10x scaffolding的软件主要有这几个: scaff10x fragscaff tigmint+ARCS...

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  • 用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

    背景介绍 在得到初步的组装结果之后,如果手上有10x genomics的基因组测序数据的话,除了可以用supernova基于10x数据独立组装出...

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  • 用mecat2组装基因组

    背景介绍 mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了,2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是...

  • 用verkko组装基因组

    背景介绍 verkko是一个最新的可以应用于二倍体基因组T2T(telomere-to-telomere)级别的基因组组装的组装软件。 2022...

  • 10x基因组数据的组装

    10x genomics除了有非常出名的单细胞转录组的业务线以外还有基于10x的基因组的业务。接下来就带大家走一走10x基因组数据的组装流程。 ...

  • 用nextDenovo组装基因组

    背景介绍 NextDenovo是武汉未来组(现在可能得叫希望组了)开发的用于三代基因组组装的软件。想当年读硕士的时候我还因为项目合作的事儿在未来...

  • 用hifiasm组装基因组

    hifiasm大概是目前为止支持PacBio HiFi数据组装的所有软件中表现最优异的软件了。它不但能输出primary assembly re...

  • 用HiFiAdapterFilt去除hifi reads的接头序列

    最近在处理PacBio的HiFi数据,记录一下分析的过程。 背景介绍 今天介绍的这个软件叫做HiFiAdapterFilt,是一个用于从PacB...

个人介绍
PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop