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    结构方程模型(SEM)可用于微生态研究及R语言实现

    导读 结构方程模型(Structural Equation Modeling,SEM)是一种能基于变量之间的协方差矩阵分析多变量之间结构关系的多...

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    16S测序分析(一)菌属丰度表获取

    导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“...

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    R:pheatmap

    导读 pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是...

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    Cytoscape绘制相关网络图

    导读 用R软件corr.test函数进行两组数组的相关性分析,用Cytoscape绘制相关网络图。 一、输入数据 代谢数据:metabo.txt...

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    基因组共线用Mauve

    文献信息标题:Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rear...

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    R语言:VennDiagram绘制venn图

    导读 使用VennDiagram函数包中的venn.diagram函数绘制三数据集venn图。 安装依赖包: 一、模拟输入 产生3个含200字符...

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    16S测序分析(二)菌群多样性分析

    导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算,以及展示“...

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    ANI AAI TETRA Mash比较基因组

    导读 比较平均核酸一致性average nucleotide identity(ANI)和氨基酸一致性amino acid identity(A...

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    宏基因组分箱(Binning)技术

    导读 宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类的过程,类似下图[1]...