我把这个思路搬运到我的课题里,复现图如下: 相似度:75%。a和b是用AI画的,所以今天分享下c和d的代码 一 差异分析 假设我们有了这样的一个...
可以用网页版做,但有上限2000个基因的限制。所以今天开发一下怎么用R飞一波。 1. 下载STRING数据库中蛋白质相互作用网络 2. 下载Un...
关于随机森林,你要知道: 基于决策树,比决策树更加稳定的分类器 无监督,随机抽取组成小样本。再放回,再抽取,即bootstrap 建树足够多,没...
什么是WGCNA 1 样本聚类,查看是否有离群值 2. 找构建网络合适的阈值 左图纵轴:相关系数的平方,越高说明该网络越逼近无网络尺度的分布。右...
先上图 在做完WGCNA之后,我锁定了两个模块,但是怎么展示这两组的KEGG结果又不会凌乱呢?我最后想到了如上图。 做KEGG富集分析 其中co...
最近要中期了,再加上CSC申请即将开始,忙碌而充实的日子又开始了。忙里偷闲更个简书~今天的主题是我课题的一部分,通过五折交叉验证比较随机森林(R...
续上回WGCNA的代码实战https://www.jianshu.com/p/9a03a35cabf3,这回把WGCNA的原理找出来读一读。 O...
不知从TCGA下了多少次数据了,每次都像失忆了一样重新研究……果然凡事都该动笔记下来 TAT本次以肝癌数据为例操作系统:MAC OS 1. 登陆...
读文献时,有时求相关系数,有时求拟合优度,到底都是什么呢? 先给结论,R与R^2没有关系,就如同标准差与标准误差没有关系一样。 1. 相关系数(...