原理我们已经在前文中讨论过了,这次主要是代码实战 1. 定义一个数据集 2. PCA主函数 3. 选出值最高的两个PC 我们在PCA原理部分已...
如果不知道怎么做GSEA,请移步:https://www.jianshu.com/p/a1927f75043b Q1: 做GSEA的geneLi...
关于随机森林,你要知道: 基于决策树,比决策树更加稳定的分类器 无监督,随机抽取组成小样本。再放回,再抽取,即bootstrap 建树足够多,没...
糖基因的分类: 糖甘水解酶 glycosidehydrolases 糖基转移酶 glycosyltransferases 多糖裂解酶 poly...
从果子老师的从TCGA数据中提取lncRNA并进行下游分析一文中,我学到了如何从TCGA表达谱数据中提取RNA。老师的教程已经写的很详细了,我再...
获得平台探针注释信息 这个probe矩阵里就有详细的探针信息啦~其中第15行是gene_symbol,接下来会用到 获取表达谱数据和表型矩阵 这...
最近要中期了,再加上CSC申请即将开始,忙碌而充实的日子又开始了。忙里偷闲更个简书~今天的主题是我课题的一部分,通过五折交叉验证比较随机森林(R...
我把这个思路搬运到我的课题里,复现图如下: 相似度:75%。a和b是用AI画的,所以今天分享下c和d的代码 一 差异分析 假设我们有了这样的一个...
一直感觉在生信入门阶段,盲目的用P<0.05且|log2(FC)|>1筛选差异基因过于robust,会导致很多有意义的差异基因没有筛到。比如说,...