最近跑通了一遍GWAS分析,全程在linux操作,虽然具体还有好多需要微调的地方,先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈...
话不多说,直接上代码 部分结果展示 step 5. 所有SNP的F-stat值都大于10,因此都纳入分析中 step 6. 异质性检测结果 p ...
Title: Association between Human Blood Metabolome and the Risk of Alzhei...
最近发现了python版的MCScan,是个大宝藏。由于走了不少弯路,终于画出美图,赶紧记录下来 github地址 https://github...
之前给大家大致介绍了GWAS在临床生信分析中的概况,包括一些基本概念,原理和注意事项(出门左手边—>临床生物信息学中的GWAS分析),这次具体讲...
MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一,2012发表至今引用数200+,作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发...
关于RNA-seq中的reads count标准化处理的方法汇总,请先看看这篇:当我们在说RNA-seq reads count标准化时,其实在...
TCGA是个大宝库,有很多方便下载分析TCGA某一癌症RNA表达数据的网站,部分能直接出图(这些网站还有其他的功能,比如上传分析自己的数据)。这...
基因表达标准化Normalisation 我们在比较不同样品不同基因的差异表达情况时,期望表达水平分布符合统计方法的基本假设,但由于测序深度和基...