发简信
IP属地：江西
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跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈...
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复现一篇高分(IF = 11.274)孟德尔随机化分析文章-day3话不多说，直接上代码 部分结果展示 step 5. 所有SNP的F-stat值都大于10，因此都纳入分析中 step 6. 异质性检测结果 p ...
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复现一篇高分(IF = 11.274)孟德尔随机化分析文章-day1
Title: Association between Human Blood Metabolome and the Risk of Alzhei...
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其实MCScan画图也可以很好看最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来 github地址 https://github...
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GWAS基本分析内容之前给大家大致介绍了GWAS在临床生信分析中的概况，包括一些基本概念，原理和注意事项（出门左手边—>临床生物信息学中的GWAS分析），这次具体讲...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发...
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edgeR中三种标准化方法TMM\UQ\RLE的比较关于RNA-seq中的reads count标准化处理的方法汇总，请先看看这篇：当我们在说RNA-seq reads count标准化时，其实在...
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常用TCGA数据下载及分析网站TCGA是个大宝库，有很多方便下载分析TCGA某一癌症RNA表达数据的网站，部分能直接出图（这些网站还有其他的功能，比如上传分析自己的数据）。这...
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当我们在说RNA-seq reads count标准化时，其实在说什么？基因表达标准化Normalisation 我们在比较不同样品不同基因的差异表达情况时，期望表达水平分布符合统计方法的基本假设，但由于测序深度和基...