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HiC术语图解与分析软件汇总序 言 接触HiC数据有一些时日了，想着总结一下关于HiC的一些特定术语以及数据分析的相关软件，做为备忘录的同时也可以方便后来的人。 先从...
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10x Visium空转数据基础流程还得看官网资料，看完事半功倍最近需要处理10x Visium空间转录组的数据，所以到官网学习了一番基础分析流程的内容。 Slide Parameters 需要搞清楚数据使用...
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特定版本谷歌浏览器及ChromeDriver驱动的下载姿势特定版本下载链接：https://googlechromelabs.github.io/chrome-for-testing/files[htt...
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SpliZ/SpliZVD | 思路新奇的scRNA-seq可变剪切指标基因的可变剪切造就了转录本的多样性，作为一种常见的基因表达调控机制，对于生物体的生长、发育和适应环境等方面都具有重要作用。前面写过一篇关于b...
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多样本单细胞分析时高变基因的选择途径目 标 单细胞分析目的和数据特征决定了分析的策略，数据分析选择高变基因而不是使用全部基因，为了达到以下几个主要目标： 提高信噪比单细胞数据中...
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bulk RNA-seq还有必要做差异可变剪切分析么？基因的可变剪切造就了转录本的多样性，作为一种常见的基因表达调控机制，对于生物体的生长、发育和适应环境等方面都具有重要作用： 增加基因编码的多...
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纠结！narrowPeak还是broadPeak常见组蛋白修饰的ChIP-seq数据，使用macs2分析时会面临一个问题，peak的峰形到底是narrowPeak还是broadPeak？基...
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STAR如何搞定所有文库类型的scRNA-seq定量STAR从version2.7开始支持对scRNA-seq的定量，随着版本的升级，从一开始只支持Droplet类型到现在可以涵盖几乎所有类型...
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不错！STAR直接生成RNA-seq的基因定量结果RNA-seq定量为人熟知的流程是先用STAR软件做比对生成bam，然后使用featureCounts等软件定量。不过，一直有一个疑问，为什...