数据库汇总-2

一、TCGA相关数据库

数据库名 网址 备注
计算机 $1600 5
手机 $12 12
管线 $1 234
数据库名 网址 备注
TCGA-GDC https://portal.gdc.cancer.gov/ TCGA官网
GEPIA http://gepia.cancer-pku.cn/ 北大Zhang lab-Zefang Tang开发,包含TCGA和GTEx 的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq数据。
TANRIC https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html MDAnderson开发的ncRNA的TCGA分析数据库(20种癌症)
cBioPortal http://www.cbioportal.org/ 只针对mRNA。可以分析MUT(Mutation突变),CNA(Copy Number Alterations,拷贝数变化),EXP(mRNA Expression,mRNA表达)和PORT/RPPA(Protein/ phosphoprotein level,蛋白表达或磷酸化变化)
CCLE https://portals.broadinstitute.org/ccle 癌细胞基因百科全书:1457个细胞系、84434个基因,表达&突变&甲基化等信息
TCPA https://tcpaportal.org/tcpa/ The Cancer Proteome Atlas,蛋白版TCGA
CRN-Cancer RNA-Seq Nexus http://syslab4.nchu.edu.tw/index.jsp The CRN database 包括40种肿瘤、89个肿瘤测序数据、325个表型数据、12167个样本,采用的是GENCODE release 21(包括93,139 protein-coding and 26,414 lncRNA transcript sequences)
WebMEV http://mev.tm4.org/#/welcome 可上传数据或下载TCGA或GEO数据
DriverDBv2 http://driverdb.tms.cmu.edu.tw/driverdbv2/index.php 肿瘤驱动基因查询

二、外泌体相关数据库

数据库名 网址 备注
EVpedia http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/ 韩国项浦大学,需要注册。包含高通量研究168例,高通量数据263个,分子数据172080个,文献6879篇,主要调查中3336人;汇总了不同囊泡研究(包括外泌体)中发现的蛋白,mRNA,miRNA,脂类,代谢产物;除此之外,其还提供一款分析工具,可用于如检索和浏览囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析,同时,胞外囊泡研究的相关文献在本数据库中列出。
ExoCarta http://www.exocarta.org/ ExoCarta主要关于外泌体蛋白、RNA、脂质体的手工数据库,收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、穴兔、牛、在内的几个物种的286个研究结果;涉及到不同组织器官来源的外泌体中的有9769个蛋白(纳入41860个),3408个mRNA(纳入4946个),2838个miRNA,脂质体1116个,最新更新时间为2016年09月12日。
exoRBase http://www.exorbase.org/ 复旦大学黄胜林教授,人血液中外泌体RNA数据库,包含7个实验的92个RNA-seq样本,58,330个circRNA,15,501个lncRNA,18,333个mRNA。收录的样本包括健康对照者32例,冠状动脉心脏疾病(CHD)6例,结肠癌(CRC)12例,肝细胞癌(HCC)21例,胰腺腺癌(PAAD)14例,乳腺癌2例。
Vesiclepedia http://www.microvesicles.org/ Vesiclepedia 一个胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索工具库,包含41个物种的1254份研究的349,988个蛋白、27,646个mRNA、10,520个miRNA,639个脂质条目,还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索,最新更新时间为2018年8月15日。
EVmiRNA http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/browse Extracellular Vesicles miRNA Database。华中科大Guo lab,包括462 smRNA sequencing datasets of EVs from 17 tissues/diseases.
exRNA Atlas http://exrna-atlas.org/ ERCC联盟的数据库,有6627个data。The exRNA Atlas is the data repository of the Extracellular RNA Communication Consortium (ERCC). The repository includes small RNA sequencing and qPCR-derived exRNA profiles from human and mouse biofluids.
mirandola http://mirandola.iit.cnr.it/ 目前收录的miRNA较多,但lncRNA和circRNA非常少。miRandola is a comprehensive manually curated classification of different extracellular circulating non-coding RNA types.Now, we have updated the database with 314 papers! We are starting to add more RNA molecules such as lncRNAs and circRNAs.
Genboree http://genboree.org/site/exrna_toolset/ 外泌体测序数据在线分析。The Genboree exRNA Toolset provides a web-based environment to conduct bioinformatics analyses on extracellular RNA profiling data
exRNA Portal https://exrna.org/resources/protocols/ 外泌体各种实验protocol原文献
exRNA Porta https://exrna.org/ NIH外泌体研究查询
exRNA Porta https://commonfund.nih.gov/exrna NIH胞外RNA研究 资助项目查询、会议资讯等
Portal:ExRNA https://www.wikipathways.org/index.php/Portal:ExRNA 外泌体RNA相关的pathway。This portal highlights pathway content relevant to the extracellular RNA research community.
Urinary Exosome Protein Database https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/ 不是很新,只有尿液的外泌体蛋白信息。This database of urinary exosome proteins is based on published protein mass spectrometry data from the NHLBI Epithelial Systems Biology Laboratory (ESBL). Current Database Size: 1160 proteins.
Exosome Gene Ontology Annotation Initiative https://www.ebi.ac.uk/GOA/EXOSOME EBI-Uniprot维护,外泌体蛋白功能注释

三、miRNA相关数据库
数据库名 网址 备注
miRBase http://www.mirbase.org/ miRNA最权威数据库
miRToolsGallery http://mirtoolsgallery.org/miRToolsGallery/ A database provides the following services: (a) Search,(b) Filter and (c) Rank the miRNA tools
miRWalk http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/index.html 功能较全,可下载数据
TargetScan http://www.targetscan.org/ 靶标分析,比较常用
miRanda http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz 靶标分析,可下载本地运行
StarBase http://starbase.sysu.edu.cn/ 中山大学开发,2018已更新到V3.0,23个物种,数百个数据集,数百万种互作关系对,包括ceRNA等
ChIPBase http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 靶标分析
Tarbase http://microrna.gr/tarbase/ 靶标分析
miRecords http://mirecords.biolead.org/ 靶标分析
PicTar http://pictar.mdc-berlin.de/ 靶标分析
RNAhybrid https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid 靶标分析
PITA http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/ 靶标分析
RNA22 http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/ 靶标分析
microRNA.org http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/ 靶标分析
Microcosm http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ 靶标分析
miRTarBase http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/

靶标分析
MirGator v2.0 http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ 靶标分析
miRNAMap http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ 靶标分析
miRDB http://mirdb.org/miRDB/ 靶标分析
miRNAMap http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/ 靶标分析
miRGen http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ 靶标分析
StarScan http://mirlab.sysu.edu.cn/starscan/ 基于降解组测序数据(植物)
piRNApredictor http://59.79.168.90/piRNA/index.php 预测piRNA序列信息
piRNABank http://pirnabank.ibab.ac.in/ 收录最全面piRNA序列信息
Noncoding RNA database http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/ 来自于细菌、古生菌和真核生物等99个物种的30 000个不同的非编码RNA。

四、lncRNA相关数据库
一、序列查找
LNCipedia https://lncipedia.org/ 一个已注释的人类lncRNA转录本序列和结构数据库。
NONCODE http://www.noncode.org/ 最常用
LncRBase V2.0 http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/index_download.html
lncrnadb http://www.lncrnadb.org/
LNCipedia Expert Database https://rnacentral.org/expert-database/lncipedia 数据来源于lncipedia,可进行API分析
NRED http://jsm-research.imb.uq.edu.au/NRED 人类和小鼠中数以千计的长非编码RNAs的基因表达信息
ncFANs http://www.ebiomed.org/ncFANs/ 在线预测与注释人、小鼠等物种中长非编码RNA的在线服务器,它利用对芯片数据进行重注释,并预测ncRNA的功能。
Annolnc http://annolnc.cbi.pku.edu.cn/index.jsp 人的lncRNA功能分析
NCBI-gene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene mRNA和lncRNA都可以查
Ensembl http://asia.ensembl.org/index.html mRNA和lncRNA都可以查
PNRD http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/ 中国农大苏震lab,植物ncRNA数据库:including 25,739 non-coding RNA records, including miRNAs,lncRNAs, tRNA, rRNA, tasiRNA, snRNA and snoRNA, etc.

二、靶标分析
RBPDB http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/ 靶标蛋白,RNA等分析
Tarbase http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=tarbase/index 靶标蛋白,RNA等分析
starbase V3.0 http://starbase.sysu.edu.cn/ 靶标蛋白,RNA等分析
CHIPBase v2.0 http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/ 10个物种,基于约10200份CHIP-seq数据分析lncRNA、miRNA、其他ncRNA,mRNA互作关系;及约20000份RNA-seq进行共表达分析
RegRna2.0 http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/ 查询可变剪切,及位点,靶标分析,cis-调控原件等
TargetscanHuman7.1 http://www.targetscan.org/vert_71/ 靶标miRNA分析
DIANA-LncBase http://carolina.imis.athena-innovation.gr/index.php?r=lncbasev2 实验验证的和计算预测的长链非编码RNA上的microRNA靶点
catRAPID http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group lncRNA-蛋白互作预测

三、疾病相关
LncRNAdisease http://www.cuilab.cn/lncrnadisease
ncRDeathDB2.0 未公开, http://www.rna-society.org/ncrdeathdb/index.php miRNA有4370个,lncRNA230个,snoRNA有12个
LDAP 软件包,需下载http://www.lncrnablog.com/ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/ 疾病相关
DES-ncRNA http://www.cbrc.kaust.edu.sa/des_ncrna/home/index.php 疾病与潜在药物靶点(lncRNA和miRNA)
lncRNABlog http://www.lncrnablog.com/ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/ 疾病相关
Linc SNP2.0 http://210.46.80.146/lincsnp/search.php 疾病相关,SNP分析

四、亚细胞定位及编码能力分析
lncLocator http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/ 亚细胞定位分析
RNAlocate http://www.rna-society.org/rnalocate/ 亚细胞定位分析
CPC http://cpc.cbi.pku.edu.cn/ 编码能力分析
CPAT http://lilab.research.bcm.edu/cpat/index.php 编码能力分析
miRFold web server http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi 预测RNA 二级结构

五、circRNA相关数据库
一、序列查找
circBase http://www.circbase.org/ 德国柏林,矛尾鱼,人(9.6万条),小鼠,线虫,果蝇
circBank http://www.circbank.cn/ ≥140,000人的circRNA,靶标miRNA分析,编码能力分析,保守性及RNA修饰
circRNADB http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php 包含32,914个外显子circRNA,人,互作分析
CIRCpedia V2 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/ 杨力和陈玲玲研究组开发,是针对circRNA可变剪切和反向剪切的数据库
circRNA_finder https://omictools.com/circrna-finder-tool#tool-reviews 基于STAR进行RNA-seq数据中circRNA反向剪切位点(<100bp)查询
二、靶标分析
CircNet http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/ 台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库,它提供了新circRNAs的鉴定;整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络;circRNA亚型的表达水平;circRNA亚型的基因组注释;circRNA亚型的序列
RegRna2.0 http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/ 查询可变剪切,及位点,靶标分析,cis-调控原件等
deepBase 2.0 http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/ 该数据平台收集了约18000个small RNAs、36万个lncRNAs和大约10万多的circRNA基因(人、鼠、果蝇、线虫等19个物种),并构建了全面的ncRNA的表达网络,ceRNA预测
TargetscanHuman7.1 http://www.targetscan.org/vert_71/ 靶标miRNA分析
circinteractome https://circinteractome.nia.nih.gov/ 需通过circBase的ID号进行预测靶标蛋白和miRNA,circRNA引物设计
starbase http://starbase.sysu.edu.cn/ 靶标miRNA,蛋白分析,基于CLIP-seq数据,ceRNA预测,RBP疾病分析,癌症分析等
三、编码能力分析、亚细胞定位、组织特异性等
CircPro http://bis.zju.edu.cn/CircPro/ 基于RNA-seq或者Ribo-seq数据
TSCD http://gb.whu.edu.cn/TSCD/ circRN组织特异性表达分析数据库,人和小鼠
四、疾病关联性
circRNA disease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ 共收集了354项研究中共汇总了330种circRNA和48类疾病,收集日期截止于2017年11月份
CSCD http://gb.whu.edu.cn/CSCD 武汉大学,肿瘤特异性circRNA数据库,预测RBP,ORF,亚细胞定位,可变剪切等
Circ2Traits 未开放使用,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24339831 与疾病和性状潜在相关的环状RNA综合数据库
五、植物相关数据库
plantcircbase http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/ 序列,宿主基因,结构等
PcircRNA_finder 暂未开放使用,https://www.rna-seqblog.com/pcircrna_finder-circrna-prediction-in-plants/ 植物circRNA预测
六、lncRNA-circRNA共有一个转录本分析
circlncRNAnet http://app.cgu.edu.tw/circlnc/
lncRNome
https://omictools.com/lncrnome-tool
CircNet http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/ 台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库,它提供了新circRNAs的鉴定;整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络;circRNA亚型的表达水平;circRNA亚型的基因组注释;circRNA亚型的序列
circRNADb http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php

六、ceRNA数据库
starbase V3.0 http://starbase.sysu.edu.cn/ 中山大学,已更新到3.0版,数据非常丰富
circlncRNAnet http://app.cgu.edu.tw/circlnc/ 台湾长庚医院,需要上传数据进行分析
circnet http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
miRSponge http://www.bio-bigdata.net/miRSponge/ The experimentally validated miRSponge database (miRSponge) recorded 599 sponge-miRNA interactions and 463 ceRNA associations in 11 species
linc2GO http://www.lncrnablog.com/linc2go-a-human-lincrna-function-annotation-resource-based-on-cerna-hypothesis/ 需下载软件
GDCRNATools http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html#case 需下载,需R语言操作
POSTAR2 http://lulab.life.tsinghua.edu.cn/postar/index.php 蛋白-RNA互作研究
cefinder/ceRDB https://www.oncomir.umn.edu/cefinder/
mircords http://mirecords.biolead.org/

七、其他数据库
NCBI-gene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 最全面最权威
genecards https://www.genecards.org/ 非常全面的基因百科数据库,跟NCBI并列双子星
biogps biogps.org 可以查到基因在哪些数据集、是否在外泌体数据库收录等等,非常多的功能。
UCSC http://genome.ucsc.edu/ 包含多个重要物种基因组草图,与ENCODE同步更新
DAVID http://david.abcc.ncifcrf.gov/tools.jsp 功能富集分析
string http://string-db.org/ 蛋白互作查询+功能富集分析
malacards https://www.malacards.org/ 疾病相关基因查询
GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds 芯片数据库
SRA https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ 测序数据库
ArrayExpress https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 欧洲版GEO
BioVenn http://www.biovenn.nl/index.php 在线维恩分析
Venn http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 在线维恩分析
Venny2.1 http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/ 在线维恩分析
STEM http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/ 时间序列趋势分析
GSEA http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp 功能富集分析

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