GenomeView是什么?
GenomeView通过Python直接展示基因组数据。主要的特点包括：
易扩展
可与Jupyter notebook整合
高质量图片生成
-
兼容不用类型的数据：BAM文件（SE和PE read）和图形数据文件例如基因组Coverage，wiggle文件等等
GenomeView的目的不是像IGV等基因组浏览器一样，产生可交互的数据展示。当然通过Jupyter notebook，用户也可以很简单的快速生成新的展示图。
如何安装?
GenomeView: Python 3.3 or greater.
下面的命令行可以帮助你安装GenomeView
pip install genomeview ## --user 如果没有root权限</pre>
或者直接从GitHub的源代码安装：
pip install -U git+https://github.com/nspies/genomeview.git ## --user 如果没有root权限
如果想展示bigWig 文件，pyBigWig 包也需要安装
pip install pyBigWig
快速入门
image
通过下面的代码可以产生上面的图：
import genomeview
dataset_paths = ["data/pacbio.chr1.bam",
"data/illumina.chr1.bam",
"/Users/nspies/Downloads/hg19.refseq.sorted.bed.gz"]
reference = "ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz"
chrom = "chr1"
start = 224368899
end = 224398899
doc = genomeview.visualize_data(dataset_paths, chrom, start, end, reference)
如果你使用Jupyter notebook, 直接在最后一行输入doc
doc
你也可以使用 genomeview.save() 来将图片存入一个文件中。
genomeview.save(doc, "/path/to/output.svg") # or .png/.pdf
更多细节请参考：http://genomeview.readthedocs.io/en/latest/index.html
Reference：
