lncRNA-染色质相互作用数据库

一句话评价

lncRNA和染色质相互作用数据库


文章信息
题目:LnChrom: a resource of experimentally validated lncRNA–chromatin interactions in human and mouse
杂志:Database
时间:23 March 2018
链接: doi: 10.1093/database/bay039

文章介绍:

lncRNA作用机制多样,可以与DNA、RNA和蛋白质相互作用,也是参与染色质调控的重要组成部分。许多lncRNA通过招募染色质修饰因子调控染色质状态,进而影响基因表达过程。作者对已经过实验验证的lncRNA-chromatin相互作用的数据资源进行整理,开发了lnChrom数据库。该数据库目前包括人类和鼠共382743个lncRNA-chromatin相互作用对,另外还收集了每个作用对的染色质修饰因子、表观标记特征、靶基因以及与疾病的关联信息。


LnChrom提供了友好的交互界面,可以通过输入lncRNA ID或靶基因快速检索, 也可以通过选择物种、染色质修饰类型、染色质相关因子,以及基因名字进行高级检索 ,同时可以通过输入感兴趣的染色质区域进行region检索。搜索结果以一个概览的表格和相互作用网络图展示。用户点击某一感兴趣的相互作用对,可以了解到更多细节结果,包括详细的注释信息、Genome Browser,TF Co-occupancy和Cancer Exploration。
网站:http://biocc.hrbmu.edu.cn/LnChrom/

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