Biostar(2)

SET UP A MACos COMPUTER

一、首先分享几个在跟随书进行设置时出现的错误和解决办法:

1、xcodebuild

This problem happens when xcode-select developer directory was pointing to /Library/Developer/CommandLineTools, when a full regular XCode was required (happens when CLT are installed after XCode)

Solution:

(1)Install Xcode (get it fromhttps://developer.apple.com/xcode/) if you don't have it yet.

(2)Accept the Terms and Conditions.

(3)Ensure Xcode app is in the/Applicationsdirectory (NOT/Users/{user}/Applications).

(4)Pointxcode-selectto the Xcode app Developer directory using the following command:

sudo xcode-select -s /Applications/Xcode.app/Contents/Developer

2、Ruby

安装过程中提醒我ruby版本过低,需要升级Ruby。经过一番搜索,有人提议用RVM(Ruby Version Manager),可以安装和管理Ruby,十分方便。具体安装使用参见官网https://rvm.io。

不想使用RVM的,可以简单的使用 brew install ruby 再次安装一遍。但是安装完后使用 ruby -v 命令查看的时候会发现还是原来的版本,再用brew重新安装一遍,系统会告诉你 ruby-x.x.x already installed, it's just not linked。因此,只需要用brew link --overwrite ruby 链接一下便可。此外应该还可以用brew upgrade,我没有尝试。

二、命令简介

在安装过程中,虽然跟着流程走了一遍,但是还是有不少命令用了却不知道什么意思,因此还是记下来,以便等夜深人静的时候再好好揣摩。

1、sudo命令

sudo命令用来以其他身份来执行命令,预设的身份为root。

usage: sudo (选项)(参数)

-b:在后台执行指令;-h:显示帮助;-H:将HOME环境变量设为新身份的HOME环境变量; -k:结束密码的有效期限,也就是下次再执行sudo时便需要输入密码;。 -l:列出目前用户可执行与无法执行的指令; -p:改变询问密码的提示符号; -s:执行指定的shell; -u<用户>:以指定的用户作为新的身份。若不加上此参数,则预设以root作为新的身份; -v:延长密码有效期限5分钟; -V :显示版本信息。

2、brew cask

brew cask 是一个用命令行管理Mac下应用的工具,它是基于homebrew的一个增强工具。homebrew可以管理Mac下的命令行工具,而使用上brew cask之后,你还可以用它来管理Mac下的Gui程序。

    brew cask uninstall 软件名卸载通过 Homebrew Cask 安装的软件

    brew cask search列出所有可以被安装的软件,当然你也可以直接前往上文提供的 Homebrew Cask 搜索。

    brew cask search google这里是查找所有与 google 有关的软件,google 关键词可以自行替换

    brew cask info 软件名查找相关软件的信息

    brew cask cleanup删除 Homebrew Cask 下载的包

    brew cask list列出通过 Homebrew Cask 安装的包

    brew cask update更新 Homebrew Cask

3、libharu 学习笔记

用brew安装了挺多的东西,很多都没见过,比如这个libharu,从网上找了一篇学习笔记,有时间的时候研究一下。

http://blog.csdn.net/anobodykey/article/details/63683843

4、插一个清除mac缓存的命令

删除mac系统日志:sudo rm-rf /private/var/log/*

删除quicklook缓存文件:sudo rm-rf /private/var/folders/*

删除临时文件:sudo rm -rf/private/var/tmp/*

清除缓存文件:sudo rm -rf~/Library/Caches/*

miniconda and bioconda

1、安装

从 https://repo.continuum.io/miniconda/下载mac版的Miniconda3-4.3.27-MacOSX-x86_64.sh,bash Miniconda3-4.3.27-MacOSX-x86_64.sh 进行安装,然后添加路径到环境变量~/.bash_profile。

2、添加清华镜像等

conda config --add channels bioconda(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocanda/)

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --set show_channel_urls yes

此外还有一些第三方源,可以上清华镜像上按需添加。

删除镜像:conda config --remove channels 

不过还有简单粗暴地方法:直接修改conda的配置,一般在当前用户路径下,比如C:\Users\Administrator\.condarc



3、更新

source deactivate

conda update conda

4、创建环境

conda create -y --name bioinfo python=2

source activate bioinfo (run once per window)

list existing environments :conda info --envs

5、安装软件

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt| xargs conda install -y

5、doctor.py

help your system get better:doctor.py --fixme | bash

结语

一直以来都是用的配置好的服务器,等自己着手配置才发现有这么多的问题,不过也学到了很多新东西,开心。