《长夜难明》从杭州一个离奇的案件开始：一个著名刑辩律师企图坐地铁抛尸（尸体装在拉杆箱里），被警察追捕时号称有炸弹导致地铁过站不停引发网络轰动，最终在人潮涌动的广场上捉拿。这个叫张超的律师开始全盘认罪，在法庭上又全盘翻供，最离谱的是定罪的人证物证齐全，翻供的不在场证据也齐全。一时间舆论哗然，纷纷指责警察刑讯逼供。要知道此前浙江高院才平反萧山叔侄杀人冤案，导致当年的“女神探”聂海芬也因涉嫌刑讯逼供走下神坛。迫于舆论和法律界的压力，当地成立了包括省公安厅、市公安局和市检察院的专门小组，调查审讯过程是否存在违法违规。专案组发现，嫌疑人自己滴水不漏，被害人江阳倒是很多线索，一场长达十多年的大戏被缓缓揭开……
第一幕：大学生侯贵平之死
2001年8月，大学生侯贵平支教一个小山村，意外发现自杀的小学女生有被强奸迹象，不止她一人，还有其他人怀孕退学或者隐忍不发，这些未满十四岁的女孩要么是孤儿要么父母外出打工，是这个山村最弱势的群体。侯贵平愤而报警，警察不作为后到检察院举报，但每次都有人得知消息，利诱、威胁，而他发现事情不简单，强奸案可能不是那个叫小板凳所为，而跟当地最大的民营企业老板孙红运和政府高官有瓜葛时，他拍到的一组照片在送到检察部门后给他带来了杀身之祸：警方通报他涉嫌强奸女童和妇女，畏罪跳河自杀……
到这里，已经没有什么悬疑了，是我们老百姓千百年来熟知的事：权力、利益勾结，旁人的明哲保身，让简单的案件阻碍重重，犯事的逍遥法外，越来越肆无忌惮，受伤害的人家破人亡：侯贵平出身贫寒，出事后父亲因羞愧自杀，母亲受刺激疯了……
第二幕：青年检察官江阳的陨落
