陈霸先偷袭王僧辩得手后，前青州刺史程灵洗率领所部将士来救王僧辩，在石头西门奋力苦战，终于兵败。陈霸先派使者去招谕他，过了很久，他才投降了。陈霸先被程灵洗的义气深深感动，任命他为兰陵太守，让他协助防守京口。
随后，陈霸先发布檄文，通告中外，列举王僧辩的罪过，说明为什么要讨伐他。檄文中还说：“我所要讨伐的，只是王僧辩父子，至于其他王氏亲戚党羽，一概不加问罪。”
才当了二个月皇帝的萧渊明宣布退位，搬出宫廷回到自己的官邸。百官上表给晋安王萧方智，劝他登基。十月初二，萧方智即皇帝位，大赦天下，改换年号为绍泰，对朝廷内外文武百官都赏赐一级官位，任命萧渊明为司徒，封为建安公。又派人通报北齐，说：“王僧辩阴谋篡位造反，所以杀了他。”仍然请求向北齐称臣，表示愿意永远当北齐的附属国。
梁朝加封陈霸先为尚书令，都督中外诸军事，任命宜丰侯萧循为太保，建安公萧渊明为太傅，曲江侯萧勃为太尉，王琳为车骑将军，开府仪同三司。
朝廷任命郢州刺史宜丰侯萧循为太保，广州刺史曲江侯萧勃为司空，征召他二人一起入朝侍奉皇帝。萧循接受了太保之职，但借故推辞不入朝，萧勃正密谋起兵造反，于是不接受任命。
王僧辩的女婿杜龛依仗王僧辩的权势，一向对陈霸先很不礼貌。在吴兴时，他常常对陈霸先宗族的人绳之以法，陈霸先因此对他切齿痛恨。
等到陈霸先要算计王僧辩的时候，先秘密地派他的侄子陈蒨回到长城县，修筑营栅以防备杜龛。
王僧辩死后，杜龛果然占据吴兴抗拒陈霸先，义兴太守韦载带他郡中的部队起来响应。吴郡太守王僧智是王僧辩的弟弟，也据城固守以作抵抗。
陈蒨到长城县后，召集的士兵才几百人，杜龛派他的部将杜泰带精兵五千人突然到来，陈蒨的将士们面面相觑，大惊失色，陈蒨却谈笑自若，不慌不忙地部署分派军队，众人这才心神安定下来。杜泰昼夜苦攻，持续了几十天，打不下来就退走了。
陈霸先派周文育去攻打义兴，义兴所属各县的士卒都是陈霸先的旧部，善于使用弩箭，韦载找出了几十个人，用长长的锁链把他们系在一起，派亲信监督他们用箭射周文育的部队，并规定“谁如果十箭中不能射中两箭，就处死。”所以每发箭出去就射死一个人，周文育的军队这才稍稍退却了。
韦载乘势在城外靠河水边建立营栅，和周文育相持了几十天。杜龛派他的堂弟杜北叟带兵抵抗，杜北叟兵败退回到义兴。
陈霸先听到周文育进攻受挫的消息，宣布自己亲自带兵东伐，他留下高州刺史侯安都、石洲刺史杜棱守卫台省，率军队抵达义兴，拔除了韦载修筑的水栅。
谯、秦二州刺史徐嗣徽的堂弟徐嗣先是王僧辩的外甥，王僧辩死后，徐嗣先逃亡到徐嗣徽处，徐嗣徽干脆献上谯、秦二州，投靠了北齐。
待到陈霸先讨伐义兴时，徐嗣徽秘密联合南豫州刺史任约，带领精兵五千人乘虚偷袭建康。
这一天，他们终于袭击占领了石头，冲在前面的游骑已经到了台城宫阙之下。侯安都关上大门，藏起旗帜，有意以此表示自己怯弱，同时告诫城中士兵：“凡登高窥探贼兵者一律处斩。”
到了天黑，徐嗣徽等人收兵回石头。侯安都夜里作了充分的战斗准备，天快亮时，徐嗣徽等人又来进攻，侯安都率领甲士三百人打开东、西侧门出城迎战，大败敌军。徐嗣徽等人逃回石头，再也不敢逼近台城了。
陈霸先派韦载的族弟韦翙携带书信去说服韦载投降，韦载和杜北叟都投降了，陈霸先对他们很优厚，极力安抚他们，让韦翙兼管义兴郡，把韦载安置在自己身边，视为亲信，有事让他参与谋划。陈霸先平定义兴后，就收兵回建康，派周文育去讨伐杜龛，救援陈蒨驻守的长城县。
将军黄他在吴郡攻打王僧智，打不下来，陈霸先派宁远将军裴忌去帮助他。裴忌挑选部属中的精兵轻装加倍前进，从钱塘直奔吴郡。夜里，他们抵达城下，大声鼓噪着逼近城墙。
王僧智以为大部队来了，急忙乘着小船逃到吴兴去了。裴忌攻占了吴郡，陈霸先于是任命裴忌为吴郡太守。
十一月初二，北齐派兵五千渡过长江占据姑孰，以便策应徐嗣徽、任约等人。陈霸先派合州刺史徐度在冶城修筑栅栏抵抗。十三日，北齐又派安州刺史翟子崇、楚州刺史刘士荣、淮州刺史柳达摩带兵一万在胡墅运米三万石，马一千匹到石头城。
陈霸先向韦载征询对策，韦载说：“齐军如果分兵先占据通往三吴的道路，然后在我们东边的边境攻城占地，那么我们就没机会了。现在齐军没有这样做，我们可以赶快在淮南一带沿着侯景过去留下的旧垒修筑新城堡，以便打通东边的运输道路。同时分出一支军队去断绝他们运粮的道路，这样，齐将的首级十天之内就可以拿到了。”
陈霸先采纳了他的计策，派出侯安都夜袭胡墅，烧掉了北齐一千多艘兵船；周铁虎切断了北齐运输补给的道路，抓住了他们的北徐州刺史张领州。
陈霸先派韦载在大航修筑侯景以前的堡垒，让杜棱去守卫。北齐军队在仓门和秦淮河之南修建了两座营栅，与梁兵对抗，北齐大都督萧轨带兵屯驻在长江北岸。
徐嗣徽等人进攻冶城的营栅，陈霸先率领精兵从西明门出来迎击，徐嗣徽大败，留下柳达摩等人守城，自己去采石迎接北齐援兵。
十二月初七，侯安都袭击秦郡，攻破徐嗣徽的营栅，俘虏了好几百人，又抄了他的家产，搜到他用的琵琶和养的鹰，派人送给徐嗣徽，并说：“昨天到贤弟家里得到了这点东西，现在特地送去还你。”徐嗣徽看到之后大惊失色。
初十，陈霸先在冶城对面的水上把船只连在一起建了一座浮桥，指挥众军全部渡过去，攻击修在南边的两座营栅。柳达摩渡过秦淮河摆开战阵，陈霸先督率将士猛烈进攻，并放火烧栅栏，北齐军队大败，争着上船逃跑，互相拥挤，掉入水中淹死的有上千人，哭喊声震天动地，最后，齐军的船舰全部被缴获。
当天，徐嗣徽和任约带领北齐水师步兵一万多人退回去据守石头，陈霸先派兵来到江宁，占据了险要之地。徐嗣徽等人的水师步兵都不敢前进，停顿在江宁浦的入江之处。陈霸先派侯安都带水军去袭击打败了他们，徐嗣徽等人单独驾小船逃走，他们的辎重、武器全部被缴获。
十三日，陈霸先从四面包围攻打石头，城中没有水喝，一升水昂贵到值一匹绢。柳达摩派使者向陈霸先求和，而且请求以儿子为人质。
当时建康实力虚弱，粮草运输都跟不上，朝廷中的大臣都想与北齐讲和，纷纷请求用陈霸先的侄子陈昙朗为人质。
陈霸先说：“现在在朝廷中的各位贤人都想和齐国讲和以获得休息，如果我违反众人的意见，大家会说我偏爱陈昙朗，不顾念国家利益。现在我决定派陈昙朗去，就算把他扔在敌寇的庭院里吧！不过齐人一向不守信用，我答应讲和，他们只会认为我们势微力弱好欺负，肯定会背弃盟约再来进犯。齐国的强盗如果再来进犯，那时诸君可得拼死战斗呀！”
于是，他就把陈昙朗和永嘉王萧庄、丹阳尹王冲的儿子王珉作人质，与北齐人在城外订立了和约，允许追随北齐的将士按自己的意愿选择归居南方或北方。
陈霸先在石头南门摆列兵阵，送北齐军队北归。徐嗣徽、任约都投奔了北齐。这一仗，梁朝缴获北齐军马、器械、舟船、大米，不可胜数。北齐国主高洋杀了败将柳达摩。
梁朝宣布大赦天下，凡是与任约、徐嗣徽同谋的人，一律不予追究。陈霸先又派出从事中郎江旰去劝说徐嗣徽人，让他回南方来，徐嗣徽把江旰抓起来送到了北齐。
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