Conda使用

1.Conda简介

    Anaconda包括Python本身以及多个第三方开源项目的二进制文件,是一个软件包。它的下载网址为https://www.anaconda.com/products/individual,分为Linux,windows和MacOs版,大小在400-500M。Miniconda是解决conda环境依赖以及运行安装的最低条件,其下载地址为https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html,按照自己的需要寻找相互匹配的版本,也可选择相对的python版本,其大小在80-90M之间,是不是比anaconda要小很多。其三者的关系就像下面的图,conda只是一个软件安装管理的软件。用于安装多个软件包和其环境依赖,就像手机上的Appstore,搜索自己需要的软件,然后点击下载即可。

anaconda,miniconda3,conda的关系

2.Conda安装使用

2.1Conda下载

    在这里我在Linux中,Linux的系统是Ubuntu18.0.4  LTS安装精简版的miniconda3 python=3.8。在Linux界面中输入wget  https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 即可完成下载 (在这里建议mkdir biosoft 建立一个新的文件夹放置新下载的软件),完成下载后进行

2.2Conda 安装

    正常安装的话只需要运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh即可开始安装,如果需要将Miniconda安装在根目录下的话,需要sudo bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,当然首先你要有sudo的权限,才能进行。

    一直按住Enter 回车键,进行license的阅读,之后按照提示输入yes,如果不小心输入错误,使用Ctrl+backspace 删除错误内容

    下一步是提醒你的安装路径,如果没有特殊需求的话直接Enter就好,如果需要安装在根目录下,就输入/pub/miniconda3 然后点击安装即可。(当然输入根目录的前提必须上一步是sudo bash安装的。

    之后进行依赖包的下载,然后确认是否初始化init,如果选择yes miniconda3 会将conda的路径默认写到~/.bashrc中,选择no的话,需要自己写入到环境变量中。

echo 'export PATH="/pub/miniconda3/bin:$PATH"' >~/.bashrc 将路径加入到PATH

source ~/.bashrc 然后在系统中直接which conda ,出现路径即表示写入成功。

conda config --set auto_activate_base false 这句话是显示base用的,基本上没什么用,就是视觉效果的问题,看个人习惯

license阅读

安装路径

是否初始化

2.3conda使用

2.3.1 conda基础设置

    如果是在/pub 根目录下安装的,进行一系列操作的话,要不切换成root用户,要不就将此目录的权限全部转交给用户 使用sudo chown -R user /pub/miniconda3

    接下来就是channels的添加,是直接影响下载解析速度的关键,一般是用清华镜像。在~目录下,使用vim  .condarc/touch .condarc 将下面的命令复制到。condarc中,保存退出即可。或者使用conda config --add channels http....将channels 添加。

channels:

  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r

  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro

show_channel_urls: true

输入命令 conda config --get channels即可看到所添加的channels,并显示出优先级

--add channels 'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2'  # lowest priority

--add channels 'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro'

--add channels 'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r'

--add channels 'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/'

--add channels 'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free'

--add channels 'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge'  # highest priority

2.3.2Conda 常用命令

conda create -n name  python=3.7(常用) #创建一个新的环境,也可以创建pytho2.7

conda creat -n name1 --clone name #用来克隆或者修改名字

source activate name # 激活环境

conda remove -n name --all #删除环境

conda env list #env list 输出环境列表

conda list #当前环境下conda 包以及版本

conda install --yes -p PATH -c CHANNEL packages #conda安装所需要的包,可以直接输入包的版本,减少搜索的时间

conda install -y r-base=4.0.3

conda search r-base #conda搜索安装包的版本

conda list --explicit >list.txt #将环境下的list导出txt 在同等系统下进行环境的重现

conda env export -n name> name.yml #环境的导出

conda env create -f name.yml #环境的重建

2.3.4 conda进阶版

    conda 在安装软件包中经常会遇到各种各样的问题,最大的问题就是慢,因为conda要进行检索环境,所以随着安装包的增多,conda越来越慢,一个办法就是升级conda conda update -n base conda 官网上说conda版本越高,越快。还有一种就是使用mamba,他将conda搜索的方式重新计算,快了不是一点半点。

conda install mamba

安装好之后就是全程使用mamba替代conda

比如 mambal install -y -p name

Mamba out

  如果conda在安装使用过程中有什么问题的话可以关注公共号 小乔爱科研 进行留言提问。或者在下方留言也可以。欢迎大家批评指正。

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