影像组学学习笔记(42)-影像组学特征提取问题解决过程复现

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频
本节(42)主要内容:影像组学特征提取问题解决过程复现

问题来源于李博士影像组学交流群里一个朋友的提问:


image.png

最开始李博士认为是由于影像组学提取过程中对于边缘层的处理不一样所致,于是建议在这10层的基础上分别外扩5层(也就是一共20层)再来提取特征。但是尝试之后,这位朋友得到了3个不同的结果。对比这些结果之后发现,只有first order这类特征值不一样,其它的都一样(除外小波变换后衍生的特征值)。
shape特征值一致,而first order不一样,这就意味着图像已经不是原来的图像了。于是李博士怀疑是图像保存过程中出现了问题(单独保存这分析用的10层时)。李博士建议他把全部影像读进去再保存,看一下结果如何。但这个假设还没有来得及验证。

然后李博士灵光乍现,想起来了最有可能导致这个问题的原因:在提取特征之前对图像进行的标准化(Normalization)操作!
对整个图层做标准化,和只对部分图层做标准化,其结果必然不一样。

image.png

Tips:pyradiomics默认不进行normalization,需自行设置。

李博士抽丝剥茧般的思维方法和解决问题技巧值得我们学习!

知识温习:

顺便复习一下pyradiomics里提取的各类特征类别和数目,以及first order19个指标的名称。


image.png

original_firstorder_10Percentile
original_firstorder_90Percentile
original_firstorder_Energy
original_firstorder_Entropy
original_firstorder_InterquartileRange
original_firstorder_Kurtosis
original_firstorder_Maximum

original_firstorder_MeanAbsoluteDeviation

original_firstorder_Mean
original_firstorder_Median
original_firstorder_Minimum
original_firstorder_Range
original_firstorder_RobustMeanAbsoluteDeviation
original_firstorder_RootMeanSquared
original_firstorder_Skewness
original_firstorder_TotalEnergy
original_firstorder_Uniformity
original_firstorder_Variance

参考资料:
https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/index.html

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 157,924评论 4 360
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 66,902评论 1 290
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 107,716评论 0 239
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 43,783评论 0 203
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 52,166评论 3 286
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 40,510评论 1 216
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 31,784评论 2 311
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 30,476评论 0 196
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 34,196评论 1 241
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 30,459评论 2 243
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 31,978评论 1 258
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 28,321评论 2 252
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 32,964评论 3 235
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 26,046评论 0 8
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 26,803评论 0 193
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 35,530评论 2 271
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 35,420评论 2 265

推荐阅读更多精彩内容