R绘图的生物学家(1):Quick start

count 统计柱状图

因为教程有直接的代码,所以我的笔记就此展开,进行解释。首先,我们需要安装R和Rstudio,如果不会,可以看我之前写的教程

# 首先需要安装绘图软件包ggplot2
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
# 将需要的数据文件的文件名赋值给filename变量,这里要注意工作目录的路径。
filename <- "~/Desktop/Lesson-01/Encode_HMM_data.txt"
# 将文件中的数据读取到数据框my_data中,需要函数read.csv(),这里的filename就是原始数据,分隔符sep是tab,没有变量header名称
my_data <- read.csv(filename, sep="\t", header=FALSE)
# 看一下数据框的前十行。
head(my_data)
# 需要将前四列的变量名重新命名,names(数据框)用来查看变量名,后面的中括号可以用来提取变量名向量的元素
names(my_data)[1:4] <- c("chrom","start","stop","type")
# head() 函数可以在任何时候看你的数据
head(my_data)
# 导入到R中之后,通过初步的数据处理,现在就可以画出原始的图像。这里是ggplot2的用法:http://zevross.com/blog/2014/08/04/beautiful-plotting-in-r-a-ggplot2-cheatsheet-3/
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
# 保存图片,可以使用Rstudio中的export按钮,保存为需要的格式,不同的格式会有不同的分辨率,当然也是可以通过代码进行图片的保存,有png、tiff、jepg、pdf等格式。
png("Lesson-01/plot.png")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

tiff("Lesson-01/plot.tiff")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

jpeg("Lesson-01/plot.jpg")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

pdf("Lesson-01/plot.pdf")
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

# 要获得一定分辨率的图片,可以加上像素参数,获得High-resolution的图片,dev.off()将输出返回到终端
png("Lesson-01/plot_hi_res.png",1000,1000)
ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()
dev.off()

第一次课的内容很是简单,本来就是入门的教程,可以慢慢的进入学习。过程还是需要有些耐心。视频也已经很详细的介绍了,我也是粗略的进行一下记录,可以好好学习视频也就可以。

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