在进行组间比较的适合，我们常常会使用Venn图展示，常用的Venn R包有gplots、venneuler、VennDiagram等，但是都不怎么适合ggplot语法，现在有基于ggplot开发的ggVennDiagram和ggvenn包更适合可视化Venn图。更多知识分享请到 https://zouhua.top/。
安装R包
if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("gaospecial/ggVennDiagram")
library(ggVennDiagram)
if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("yanlinlin82/ggvenn")
library(ggvenn)
构造数据
set.seed(20190708)
genes <- paste("gene",1:1000,sep="")
x <- list(
A = sample(genes,300),
B = sample(genes,525),
C = sample(genes,440),
D = sample(genes,350)
)
ggVennDiagram
四组
- 基础图
ggVennDiagram(x)
- 移除图标背景颜色
ggVennDiagram(x, label_alpha = 0)
- 修改分组名字和填充颜色
ggVennDiagram(
x, label_alpha = 0,
category.names = c("Stage 1","Stage 2","Stage 3", "Stage4")
) +
ggplot2::scale_fill_gradient(low="blue",high = "yellow")
三组
ggVennDiagram(x[1:3], label_alpha = 0)
两组
ggVennDiagram(x[1:2], label_alpha = 0)
ggvenn
四组
- 基础图
ggvenn(x)
- 修改分组名字和填充颜色
names(x) <- c("Stage 1","Stage 2","Stage 3", "Stage4")
ggvenn(
x,
fill_color = c("#0073C2FF", "#EFC000FF", "#868686FF", "#CD534CFF"),
stroke_size = 0.5, set_name_size = 4
)
三组
ggvenn(
x, columns = c("Stage 1", "Stage 2", "Stage 3"),
stroke_size = 0.5
)
两组
ggvenn(
x, columns = c("Stage 1", "Stage 2"),
stroke_size = 0.5
)
参考
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