蛋白质互做数据库(string)

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thinkando
2018.05.21 15:32* 字数 350

1. String 介绍

  • 研究一个基因及其编码的蛋白质,一方面要了解它们的功能,另一方面需研究此蛋白质相互作用的其他蛋白质的信息,以使研究人员能够更加深入地认清相关蛋白质的功能,更清楚地理解其调控机制
  • STRING 数据库是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的系统。这种相互作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用,也包括蛋白质之间间接的功能的相关性
  • 网站:http://string-db.org
  • 它除了包含有实验数据、从PubMed 摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。所应用的生物信息学的方法有:染色体临近、基因融合、系统进化谱和基于芯片数据的基因共表达。
  • 该系统利用一个打分机制对这些不同方法得来的结果给与一定的权重,最终给出一个综合的得分。

2. 演示

  • 把找到的差异基因导入



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  • 下载后的图片


  • 下载完的excel, 可以在cytoscape 中玩耍了


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科研技能
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