用python做生物信息数据分析(4-文件输入和输出)

写在前面

前面几个推文,一上来目的性就比较强,直接使用pysam输入和输出文件。但是,很多时候,我们需要自己读取一些文本文件,或者输出一些文本文件。所以,需要了解一下python文件打开,输入,输出 和 关闭 等操作。

几种python文件的读取方式

这类信息,其实直接在百度可以找到很多,所以百度,随后调试即是

打开文件 和 关闭文件

1.file = open("文件名","打开方式"),注意,最后需要关闭文件 file.close()

  1. with open("文件名","打开方式",conding="编码格式") as file:,注意,这类打开方式会自动关闭?所以不用关闭文件。

以上打开方式,一般就是

  • r 只读
  • w 只写
  • r+ 读写
  • a 追加
  • a+ 追加读写

文件读取

四种读取文件的模式
f.read(size)  #  读取指定长度的字符
f.readline(size) # 读取指定行数的内容
f.readlines() # 一次读取所有行
for line in f: # 逐行读取

文件写入

两种文件输出的模式
filename = 'write_data.txt'
with open(filename,'w') as f:
    f.write("I am Meringue.\n")
    f.write("I am now studying in NJTECH.\n")
doc = open('out.txt','w')
print(data_dict,file=doc)
doc.close()
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