可视化学习笔记(四):ggplot2:描述数据分布


1、简单直方图

1.1 基本语法

geom_histogram(..., aes, binwidth=#, origin=#)
  • binwidth参数用于调整组距
  • origin参数用于调整直方图左边起点

1.2、分组直方图

使用直方图绘制命令加上facet_grid()函数即可

facet_grid(row_var~col_var, scales='')
  • 对于分面绘图需要提前将作为分面基础的变量修改其因子水平名称,否则只会出现原值
  • scales是用于设定分面的y轴标度,使用scales='free'时会因基于分面的变量位置不同而调整

2、绘制核密度曲线

2.1 核密度图

使用geom_density()函数即可映射连续型变量到x

  • 如果不想绘制图形两侧和底部的线段,可以使用geom_line(stat='density')作为代替
    • geom_line(adjust=#)中的adjust参数用于调整线的平滑程度

2.2 直方图上叠加密度曲线

在叠加之前需要将y参数映射改为..density..以统一两种图形的标度,再将两个绘图函数相加即可

ggplot(faithful, aes(x=waiting, y=..density..)) + 
  geom_histogram(fill="cornsilk", colour="grey60", size=.2) +
  geom_density() +
  xlim(35,105)

2.3 分组密度曲线

*与其他分组图形一样,需要将因子变量映射到colour或者fill上即可在一张图上绘制分组密度曲线
- 需要注意的是可能会出现图形叠加问题,因此需要使用alpha参数来调整透明度

*或者可以通过使用facet_grid()函数来进行分面绘制

  • 如果是将不同条形图的密度曲线进行分组,最好是使用分面分别绘制

2.4 二维密度图

使用stat_density2d()函数可以绘制

  • 可以通过geom_point()绘制数据点和stat_density2d()密度等高线图
  • 也可以通过只绘制密度等高线图,并使颜色映射使用colour=..level..参数来绘制数值型颜色深度

3、频数多边形

使用geom_freqpoly()函数即可绘制

  • 频数多边形看起来与核密度曲线相似,但传递的信息类似于直方图,函数的参数也一致

4、箱线图

4.1 基本语法

对于x为分类变量,y为连续变量的可视化可以使用箱线图(boxplot)来呈现,函数为geom_boxplot()

geom_boxplot(..., aes,...outlier.size=#, outlier.shape=))
  • 需要注意的是,使用箱线图时要将x转为因子变量或对分组group映射,否则ggplot可能将所有信息绘制成一个箱线图
  • outlier.参数是用于控制箱线图异常值较多且图形有重叠使用

4.2 添加槽口(notch)

箱线图的槽口的作用是:用来比较各组数据的中位数是否有差异,在geom_boxplot()函数中使用notch=T参数即可调用

4.3 添加均值

使用stat_summary()函数可以向箱线图添加均值,并且通常以钻石形状来表示
详情查看??ggplot2::stat_summary()


5、小提琴图

小提琴图用以比较数据的密度,使用geom_violin()函数即可

  • 使用普通的分组密度曲线进行比较时会容易受到干扰;而小提琴图是并排排列,易于比较
  • 小提琴图也是核密度估计,但绘图时对核密度曲线取镜像以使得形状对称
geom_violin(data, aes(), trim=T, scale='', adjust=#)
  • 小提琴图默认坐标范围是数据的(min, max),扁平尾部会在这两个位置截断;通过设置trim=F参数保留小提琴尾部
  • 默认情况下系统会对小提琴图进行标准化,使得各组数据面积一样;通过设置scale='count'可以恢复原貌,使图的面积与每组观测值成正比
  • adjust=#参数用于调整小提琴图的平滑程度,default=1

传统画法中小提琴图中叠加了较窄的箱线图,白圆圈表示中位数,但ggplot2的geom_violin()函数并没有附带箱线图

因此需要额外自己通过添加“箱线图+统计信息”来手动绘制

ggplot(heightweight, aes(x=sex, y=heightIn)) + 
  geom_violin() + geom_boxplot(width=.1, fill="black", outlier.colour = NA) +
  stat_summary(fun.y = median, geom="point", fill="white", shape=21, size=2.5)
  • 使用outlier.colour=NA参数可以隐去箱线图的异常点

6、Wikinson点图

6.1 基础语法

Wikinson点图与Cleverland点图(条形图一章最后一节)不同,这种图的点的分组和排列取决于数据,每个点的宽度对应了最大组距

使用geom_dotplot()函数即可绘制

  • 其中有stackdir=''参数用于对按中心进行堆叠,使用stack='center'stack='centerwhole'调用
  • 由于ggplot2技术的限制,y-axis的刻度线没有明确含义,可以通过以下方式移除:
scale_y_continuous(breaks=NULL) #移除刻度线
theme(axis.title.y=element_blank()) #移除坐标轴标签

6.2 分组点图

与其他绘图不同的是,这里的分组点图使用的是binaxis=''参数来进行分组:

  • 使用binaxis='y'选项,则数据点沿y轴进行堆叠,并沿着x轴分组
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