MacOS的ARM64的R如何解决编译问题

先参考https://mac.r-project.org/tools/ 安装好XCode和gfortran

目前(截止到2022年2月份), Arm64架构的R能够直接安装CRAN绝大部分的R包,但是Bioconductor的R包都需要编译(这也就为什么我推荐用Intel架构的R,可以避免遇到要编译R包里的坑)。

编译R包最怕遇到的问题,就是遇到R以外的底层库的依赖,比如说Rhtslib, 就要求编译htslib, 而htslib依赖lzma是MacOS默认没有安装,因此我们会因为缺少xz库的支持,导致htslib编译失败,从而导致Rhtslib安装失败,间接导致所有依赖于Rhtslib的R包无法使用。还有一些R包编译需要gsl库,就会因为找不到 gsl-config 而报错。

经过我不断踩坑后,我整理了解决方案。后续,如果你也打算在Arm64的Mac上安装原生的R,就按照我的思路来配置

首先,你需要安装homebrew, 国内用户推荐按照清华镜像里的方案来配置,https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/homebrew/ , 能够避免网络问题导致的坑。在海外的朋友,就按照官方站点, brew.sh 的命令来配置。

homebrew会安装在 /opt/homebrew下,该目录里面包括后续安装的软件(bin), 头文件(include)和动态链接库(lib).

之后,我们需要为R配置相关环节,使得R能够调用到homebrew安装的环境。

我们需要打开R,然后运行如下命令

file.edit(file.path(Sys.getenv("R_HOME"), "etc", "Makeconf"))

如此就能打开R的Makeconf文件,R就通过该文件里面的参数来进行R包和底层依赖的编译。我们搜索搜索 CFLAG, 添加 -I/opt/homebrew/inlucde, 搜索LDFLAGS, 添加 -L/opt/homebrew/lib, 效果如下

CFLAGS = -I/opt/homebrew/include -falign-functions=64 -Wall -g -O2 $(LTO)
LDFLAGS = -L/opt/R/arm64/lib -L/opt/homebrew/lib

重启R/RStudio之后,你就能编译安装Rhtslib(当然你需要先运行 brew install xz,把lzma.h 装好`)

BiocManager::install("Rhtslib")

此外你可能还会遇到gsl-config not found报错,尽管你明明用brew install gsl安装了软件,也能够在命令行中成功调用 gsl-config,但是R就是视而不见。 这是因为R读取的变量,默认就来自于MacOS的环境变量来自于 /etc/path文件和 /ect/path.d目录里。 因此,你即便在.zshrc, 或者.bashrc里面加入了 homebrew 的路径,R也是不认的。

解决方案,打开R,然后运行如下命令,

file.edit("~/.Rprofile")

添加如下内容,修改R启动时的环境变量

Sys.setenv("PATH"=paste0( "/opt/homebrew/bin:/opt/homebrew/sbin:",  Sys.getenv("PATH")))

重启R/Rstudio之后,R就能够用到homebrew安装的程序了。

或者,我们也可以下载到本地,用 R CMD INSTALL进行编译安装,以DirichletMultinomial为例

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.14/bioc/src/contrib/DirichletMultinomial_1.36.0.tar.gz
R CMD INSTALL DirichletMultinomial_1.36.0.tar.gz

总结一下:

  1. 通过homebrew来安装依赖环境
  2. 编译R的Makeconf使得R能够调用homebrew里的include和lib
  3. 编译R的.Rprofile修改PATH,使得R能够用到hombrew的bin的程序

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