「R包」如何实现Seurat 2 和 Seurat3 在同一个环境下共存

软件升级虽然是一件值得高兴的是,但是代码变化太大却不是一件好消息。比如说Seurat,这个单细胞分析最常用的R包,它的2.x版本和3.x版本的变化就是翻天覆地。

为了能够重现别人的代码,你可能需要重装2.3.4版本的Seurat,官方提供了安装脚本

source("https://gist.githubusercontent.com/satijalab/beb9bb50dedc75ee023bd5d9be5fe684/raw/e103577735a2fba9da2ccca14ce1ac33e46c1bc4/old_seurat.R")

但是在window下安装会出一个报错

报错信息

这个时候需要手动安装Seurat,要求有Rtools才能进行编译

install.packages('Seurat', repos = 'https://satijalab.org/ran', type = "source")

可以设置install.packages里的参数lib.loc,让Seurat安装到其他的文件加,就不会替换原来的Seurat,同时用library加载的时候,也需要设置lib.loc.

上面是简单可行易操作的方法,唯一的问题是你不能同时加载两个Seurat版本,当然你也不会想这样子做,所以这是一个伪需求。

下面就是瞎折腾环节, 我要将Seurat的2.3.4版本单独搞出一个R包,Seurat2,这样子就可以同时加载这两个R包。

下载Seurat 2.3.4

wget https://satijalab.org/ran/src/contrib/Seurat_2.3.4.tar.gz

解压缩它

tar xf Seurat_2.3.4.tar.gz
cd Seurat

删除MD5文件,因为它会做文件检验

rm MD5

修改里面所有的Seurat替换成Seurat2, seurat替换成seurat2

find . -type f -print0 | xargs -0 sed -i "s/Seurat/Seurat2/g"
find . -type f -print0 | xargs -0 sed -i "s/seurat/seurat2/g"

这种无差别的替换会有一个问题,会把一些这类http://www.satijalab.org/seurat非代码信息中的seurat替换成seurat2,不过这并不影响实际函数的使用。

R/seurat.R重名为R/seurat2.R

mv R/seurat.R R/seurat2.R

修改R和src文件夹中的所有函数,将里面的Seurat更改为Seurat2

tar -czf Seurat2.tar.gz Seurat

注意: 目前未修改测试数据集的对象,所以不能用Seurat2来运行pbmc_small的例子

目前我将其上传到GitHub,所以可以用devtools进行安装。由于代码只是简单修改,存在bug,不建议尝试使用。

devtools::install_github("xuzhougeng/Seurat2")

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