Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding

• p.12
  !I (整数变量)
  !A (字母编码变量)
  树高等性状是响应变量，什么也不加

• p.13
  命令执行文件 (.as)有特殊的格式要求：

• 整体均值或截距不会自动拟合，如果需要的话应该用mu。
• units的意思会在第七章中介绍；如果固定和随机部分写在多行，应该用逗号，表示模型在后边继续。但是注意随机效应和残差方差结构间是没有逗号隔开的。
• 这里也讲到巢式与非巢式的区别（Hierarchical （Nested） and Factorial）：每个种源的母本是独特的，所以要嵌入种源。但是由于每个母本给的编码是独特的而且没有在其他种源中有重复，故而我们不需要在模型中用巢式代码了。
• 如果命令执行文件和数据在同一个文件夹中，直接输入文件名就可以了；而如果不在一个文件夹中，则要用!FOLDER控制符给出数据所在的路径，比如!FOLDER V:\Book\Book1_Examples\data。
• 建模是一个循环往复的过程，所以最好开始跑一个简单的，看看输出结果有没有什么问题，然后往模型中一次加一个项目。

• p.14数据定义部分。

• 定义的标签要和数据文件中的一致，语法格式是空格+标签。
• 根据变量类型，因子变量用 *,!I,!A或水平的个数；协变量或响应变量空着或指定用1。
• 一行上可以放多个变量的定义。
• 常用的标记类型：
  • *或n用于因子用顺序值编码，比如小区编码作1-12，可以用plot *或 plot 12。（如果用！I编码是有问题的！！）
  • !A指的是因子用字母编码，比如我们有20个地点编码作“NC11”, “FL09”, 等,应该用: Site !A。你可能会在！A后给出水平的个数，但这不是必需的，除非水平数大于1000。如果大于1000，在!A后列一个近似的个数（要大于100）。
  • !I 因子是用数字编码的，但不是顺序整数，比如区组编码作11, 24, 49, 80，这时我们应该用!I。和！A类似，超过1000个水平就要列出实际的水平数，比如block !I 1200。
  • !CSKIP c，用于跳过不需要分析的数据。
  • !LL c，ASReml自定义把水平名字超过16个字符的截短，但如果不想截短的话，要加上!LL c，但是无论加不加这个控制符，最多20个字符才长度。
  • !SORT，加在因子的后面，强制对因子按水平排序。
  • !FILTER v [ !SELECT n] [!EXCLUDE n] ，类似R中的subset()。

• p.19工作控制符。

• !DOPATH n或DOPART n，多个模型时可以选择性地运行某一个。
• !MAXIT n ，默认10个。log-likelihood值<0.002及单个方差变化小于1%，模型收敛。
• !CONTINUE ，如果不收敛，接着最近一次的参数运行。
• !DISPLAY n 画图。
• !OUTFOLDER [folder path ] 结果输出到非工作路径。必须放在工作文件的首行。

• p.22模型项目

• 默认的随机效应和残差项的方差结构是idv（identical variance）
• at(site).block，给每个地点的区组指定一个独特的方差组分。at(site,i).block 给某个地点的区组指定一个独特的方差组分。

• p.41 Asreml中的循环。

• 多性状，

!CYCLE height diameter volume
$I ~ mu !r block*female 

• 多个模型，

!CYCLE 1:3
Title: Example of using CYCLE and DOPATH qualifiers
treeid !A female !I male *prov !I block !I plot !Iheight diameter volume
!OUTFOLDER V:\Book\Book1_Examples\dataPine_provenance.csv !SKIP 1 !DOPATH $I
!PATH 1 #no block effect
height ~ mu prov !r female
!PATH 2 #block effect
height ~ mu prov !r block female
!PATH 3 # block and plot effects
height ~ mu prov !r block*female

• 多性状&多模型

!CYCLE height;1 height;2 height;3 diameter;1 diameter;2 diameter;3volume;1 volume;2 volume;3
Title: Example of CYCLE with two substitutions
treeid !A female !I male !Iprov !I block !I plot !Iheight diameter volume !*10
!FOLDER V:\Book\Book1_Examples\dataPine_provenance.csv !SKIP 1 !DOPATH $J
!PATH 1 #no block effect
$I ~ mu prov !r female
!PATH 2 #block effect
$I ~ mu prov !r block female
!PATH 3 #block and provenance effects
$I ~ mu prov !r block*female 

= 数据集小或者多性状模型，不容易收敛，用一些不同的方差-协方差初始值重复分析是一个好办法