fslview display specific white matter fibre of JHU atlas(fslview显示特定白质纤维束)

在对JHU的WMlable模板使用fslview图形界面点击时显示的总是双侧,但是对于其他的模板则没有此问题,经查询,这是fslview的一个bug,替代的方法是使用fslmaths命令来借助于代码制作mask。
方法如下:

Step 1: 打开fslview,然后打开一个模板作为背景(比如MNI_152模板),再打开一个想要选择的atlas,保存为模板,然后使用下边的命令把感兴趣的区域设置一下,

fslmaths JuelichAtlas.nii.gz -thr 3 -uthr 5 CC.nii.gz

This zeroes out any number below 3 or above 5.

紧接着,如果只是为了呈现,就不需要二值化;如果想要制作mask,再使用下面的命令二值化,

Lastly, we need to binarize the image, again using fslmaths:

fslmaths CC.nii.gz -bin CC_bin.nii.gz

参考链接:
https://www.andysbrainblog.com/andysbrainblog/2017/6/2/creating-masks-from-the-juelich-atlas

https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=fsl;d81dd48a.1409

https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind0903&L=FSL&P=R8638

20190822


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