gfold问题处理记录

这次在新的服务器上安装gfold的时候,偶然发现GFOLD的官网已经404了,于是索性就conda一套进行安装
conda install -c bioconda gfold
但是在调试gfold的时候,发现直接调用会报错:
gfold: error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot open shared object file: No such file or director

尝试解决:

直接在本目录下find该缺失文件是否存在:
find ~/ -name libgsl.so.0,发现没有该文件存在(当然没有该文件存在啦,不然怎么会报错呢)

搜索结果

事实上这个文件是GNU Scientific Library里面的一部分,于是我也想当然的安装了gsl,但是报错依旧存在。

有人提出,是否是路径的问题并提出了解决的办法:

$LD_LIBRARY_PATH= path to your gsl lib folder inside the gsl installation folder
$export LD_LIBRARY_PATH

但是我尝试以后也并没有解决,直到我突然反映过来这是不是就是常见的李逵李鬼问题,于是我就:

find ~/ -name libgsl*

/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.la
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.la
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.so.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.so.0.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.so.23.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.so.23
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgslcblas.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.so.23
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgslcblas.so.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.so.23.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so.23
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so.23.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgslcblas.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgslcblas.so.0

问题解决

事实上gsl是没有libgsl.so.0的,但是又libgsl.so,原来就是libgsl.so和libgsl.so.0的亲戚关系,于是一个硬链接解决问题:ln /home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so.0

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