作者，Evil Genius
2022年结束了，马上也要放假过年了，新冠也好了，对象么，也有了，一起额都在往好的方向发展，但是单细胞空间的研究，一直在路上，借助一篇文献，Mapping single-cell transcriptomes in the intratumoral and associated territories of kidney cancer，我们分享的同时来解读以下单细胞空间目前研究的现状。
文献2022年12月发表于Cancer Cell，IF 38.585/Q1。我从2018年开始做单细胞，到今日的2023年初，4年半的时间没有离开单细胞空间，但是形势发生了很大的变化，其中感受最深的就是两点，一方面经历了单细胞爆炸式的增长，几个样本就可以发很高的文章，所以业绩也突飞猛进，但是从2020年开始由于市场的增量有限，竞争队友的增多，每个公司的业绩似乎原地踏步或者略有增长；另一方面是关于分析的，一开始分析都是收费的，费用现在看来相对较高，但是因为收费的原因，生信一般做的很用心，但从2021年开始，新格元等一大批新型的单细胞公司为了扩大市场，分析不再收费，导致了现在几乎每个公司都分析免费，虽然分析免费了，但是我比较了几年的分析质量，发现远不如收费的时期，不收费意味着更多的流程化，对于发文章没有意义的。
好了，我们来解读文献，细细解读，让大家对单细胞空间发文章有一个前沿的认识。研究的背景我们不必多说，就是研究肿瘤发生的机制以及异质性产生的原因，为攻克肿瘤提供借鉴。
第一部分，取样策略
对12例接受放射诊断和治疗初治肾肿瘤手术切除的患者进行了多区域基因组和单细胞转录组分析，目的是对多种低、中、高风险肿瘤进行取样。，其中10例为目标样本，在每位患者中，从外周血、正常肾脏、肿瘤核心的四个生物学位置不同的区域以及肿瘤-正常界面中取样。此外，还从肾周脂肪、正常肾上腺、肾上腺转移和肿瘤血栓中抽取组织样本。单细胞取样数达到了几十例，每个样本取样数在4~8个之间。还对8名患者的11个肿瘤-正常界面和5个肿瘤核心组织切片进行了10X Visium空间转录组学。单细胞采用的是5'+VDJ的策略策略。
取样需要注意的点
1、必须大样本量，起码十几例
2、必须有重复，每种类型不能只有一例，包括空间
3、必须有对照，最好有多个对照，针对不同部位同时取样。
第二部分，细胞定义
文章对细胞进行了质控之后，得到了27万多的细胞，但是初步定义仅有12个类型。
当然做了一些基础的认知分析，比如每个样本的细胞比例等等。
细胞定义的策略
1、大类定义，不要一开始就非要具体到亚类
2、大类定义准确之后，细胞足够多的前提下进行小类分析,一定要记住，再分群的细胞数量不能过少
第三部分，肿瘤细胞的免疫微环境研究
这部分就关键的一点，免疫细胞的内部异质性以及轨迹变化中富集到的VDJ序列，在定义好免疫细胞亚群的分类之后，一方面要看各个部位的免疫细胞分布情况，另外一方面开展轨迹分析，查看免疫细胞的分化方向，以及在分化过程VDJ的克隆变化。
第四部分，空间排布对细胞异质性的影响
这也是单细胞以及基因组学研究时候发现的问题，细胞类型接近以及基因组学研究没有较大差异的时候，肿瘤仍然表现出异质性，显然，空间排布是关键因素。
第六部分，髓系细胞类群的变化
这部分仍然是常规分析部分，对髓系细胞在不同部位的发生发展进行研究。这个地方主要还是在交界区域到肿瘤区域的细胞演变。
第七部分，交界区域的研究价值
这个地方研究了交界区域前后的不同基因特征，采用了NMF的分解方法，当然也可以用WGCNA，这个研究主要也是针对肿瘤内部的异质性，查看不同预后的基因特征。交界区域的屏障作用至关重要。
第八部分，交界区域的细胞组成与细胞互作，这个分布我分享了很多文章
