当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不足。
明万历十五年，即公元1587年，在中国历史上原本是极其普通的一年，也是明代二百七十六年历史中无关紧要的一年。但就在这一年前后，张居正的改革被否定，海瑞、戚继光相继去世，万历皇帝也逐渐怠政……这些事件表面上看似末端小节，但可以深刻地反应当时明代制度落下的症结，也预示了半个多世纪后明代灭亡的种种机缘。
本书记录了在万历十五年前后，影响明朝历史发展轨迹的六个重要人物，有一国之君万历皇帝朱翊钧，位极人臣的改革家张居正，内阁首辅大臣申时行，也有古怪正直的模范文官海瑞，孤独落魄的将领戚继光，自相冲突的哲学家李贽。上至天子，下至庶民，他们的人生道路各不相同，排除他们个人的成败得失，命运的归宿却趋于一致，即最终都有无法超越自己时代的悲剧命运，成为制度的牺牲者。作者以最具代表性的个体为线索，追溯历史问题的本源以及后续产生的影响，这也体现了书中最后所提到的大历史观，如同蝴蝶效应，每个人的失败逐渐演变成一个国家，一个时代的失败，本书也被作者称之为“历史上一部失败的总记录”。
先从主人公万历说起，年幼登基的他在严师首辅张居正和慈圣皇太后的教导下，从小就有一番勤勉治国，励精图治的远大抱负，这也有了明朝后期昙花一现的万历中兴。作为皇权的象征，身为天子却无帝王之权，一直生活在以张居正为代表的无数文官的阴影里，在他们的控制下作为抽象的道德和智慧的化身，一个执行任务的政治机械。唯独郑贵妃把万历当做一个“人”来看待，这也导致了后来万历想让他和郑氏的皇子朱常洵继承皇位，这种废长立幼的做法违背了嫡长子继承制，皇帝和文官们的矛盾也一触即发。书中所说，人有“阳”则有“阴”，既有道德伦理，就有私心贪欲。而皇帝却在阳之外不允许存在着阴，这种拘束是无限的，任何个性的表露都有可能被指责为逾越道德规范，无论是个人的言行举止还是国家机器的运行统治都是以道德伦理作为基础的，但是道德伦理的解释却分属文官。就这样万历一直处在阴与阳的矛盾中，一面是仁义道德，一面又是虚伪贪婪。皇帝厌倦了与文官们“嘴炮式”的道德伦理战，迫于强大的舆论压力，不得不放弃自己的打算，臣僚们抗议的奏章不断向他提出，他也不加以答辩，否则就使他们达到了沽名卖直的目的而暴露了自己缺乏雍容的气度，最终选择了道家的无为而治。因此万历既是明朝历史上在位最长同时也是最懒的皇帝，有将近三十年的不上朝记录，而且朝廷里的官员被万历罢免后也不再招收新人，读书人通过科举考试考取功名仕途一时间成了无用之功，朝廷成了一潭死水，国家机器似乎也停止了运转。万历的怠政给明朝留下了必然衰败的火种，皇权与文官集团的矛盾冲突彻底爆发，而发生这一切的开始，恰是万历十五年。回想当年万历与文武百官一起步行十里去天坛求雨，力挺张居正进行一系列的改革措施，即使在不上朝期间万历在平定宁夏蒙古哱拜之乱、播州土司杨应龙之乱以及抗倭援朝战争中也留下了“万历三大征”的美名。看似能够改写明朝历史的主人最终也无法力挽狂澜拯救帝国的悲剧命运。由于成宪的不可更改，一个年轻皇帝没有能把自己的创造能力在政治生活中充分使用，文官集团对他左右制衡，无论是立储一事还是御驾亲征，都让他无法施展自己的治国纲领。他的个性也无从发挥，反而被半信半疑地引导进这乌有之乡，充当了活着的祖宗。在预筑陵寝一事上更能体现这一点，这项巨大的工程微妙的体现了把皇帝不当作一个有血有肉的人，而把他当做一种机构看待，万历皇帝缺乏坚强的意志和决心但不缺乏清醒和机灵的头脑，然而他竟欣然接受了这种精神上的活埋……万历曾有力当尧舜的抱负，却最终埋没在了文官集团的黑暗笼罩之中，只能感慨“君临天下负韶华，来生莫入帝王家”。
一代名臣张居正，他不仅身为万历的老师兼首辅大臣，还是当朝最有影响力的改革家，政治家，他为挽救大明王朝，缓和社会矛盾方面做出了极大的贡献。他不仅辅助年幼的万历皇帝治理国家鞠躬尽瘁，在政治上为整顿吏治，加强中央集权实行了“考成法”，在经济上为整顿赋役制度，扭转财政危机实行了“一条鞭法”，他还知人善用，在军事上派守戚继光守蓟门，李成梁镇辽东，解决了“南倭北虏”的祸患，在水利上也推荐起用先前总理河道都御史潘季驯治理河患。给日薄西山的大明带来了一丝希望的曙光，使得整体上社会繁荣国家富强，这一段看似回光返照的辉煌时光史称万历中兴。但好景不长，在万历十年，随着张居正突然的病逝，万历失去了最重要的靠山，内阁的派别斗争，反张运动的日益激烈，让很多改革措施废除停用。这还不是最严重的，那些曾经被张居正压迫过的文官们抛出了“胡作非为、欺君罔上”的证据，并弹劾张居正提携的官员例如申时行和戚继光。万历对张居正的信任可能仅次于郑贵妃，而这无疑是将万历心目中的严师张居正的光辉形象彻底打碎，曾经对他谆谆教诲，让他遵循仁义礼智信温良恭俭让，让他亲民爱国兼济天下的老师竟然会是一个表里不一、贪婪奸邪、玩弄权术、党同伐异甚至想谋逆犯上的恶人。他没想到张居正也会是一个阴阳两面的人，在阳的一面，张居正作为代表的文官集团信奉孔孟之道，廉洁奉公忠孝正直；在阴的一面，张居正拥有大量的灰色收入，讲究排场奢侈淫乱。从此万历对张居正的绝对信任变成了绝对痛恨，认为这是道德和精神上的背叛，一种用更高的道德标准来衡量别人却对自己更加宽容的欺骗的伪君子。当然张居正自身也犯了很大的错误，位极人臣的他过于刚愎自用，独断专行，严厉整治文官的作风问题，打压一切与自己不合的势力，使得整个文官集团紧张不安，没能和文官集团和衷共济，导致被群臣孤立的局面，急功好利的张居正企图以世俗的行政效率来代替这伟大的精神道德，暴露了当时中央集权的过度集中但皇权的松散虚无。万历对文官集团的痛恨和不信任也随着张居正死后的清算而愈演愈烈，后来张居正的改革也被彻底废除，而张居正本人也被开棺戮尸，这样悲惨的命运和生前生后的巨大落差无不让人感叹在那个道德高于法律的时代，任何问题都要化解为道德问题，文官集团在道德的掩盖下还要争权夺利的黑暗一面，由于没有法治的刚性约束，皇上也无动于衷，一股颓败不安的气息正在酝酿。有的人活着，他已经死了。有的人死了，他还活着。这句话形容张居正最合适不过，只可惜位极人臣心已冷，世间已无张居正。
作为张居正的继任者申时行，在处理国本之争和党系纠纷的问题上保持中庸之道，不像张居正一样铤而走险而是与文官集团稳中求和。他一方面在倒张运动中保全自己，一方面又要协调皇帝和朝臣之间的信任关系，在双方做一个和事佬的角色。为了避免矛盾激化，他废除了皇帝定期需要参与的经筵，但因此皇帝和朝臣们的隔阂也变得越来越深，他的折中处事与张居正的严厉改革对比之大，似乎是在一种互相谅解中把明朝推向了灭亡的边缘。但他的所作所为在当时的时代背景下也是无奈之举。他把人们口头上公认说的理想称为阳，把人们不能告人的私欲称为阴，调和阴阳就成为他今后工作的核心。作为文官集团的最高领袖，他没敢步张居正改革的后尘，也没有像很多官员一样轻易离职退休，他既要担起辅佐皇帝治理国家的重任，还要努力解决文官集团之间的矛盾，所以只能小心翼翼的维护着各集团之间的利益和国家机器的运行。王世贞所作《内阁首辅传》称他“蕴藉不立崖异”，就是说他胸中富有积蓄，但是不近悬崖，不树异帜。这一评价在恭维之中寓有轻视的意味。而申时行的温和谦让，确实也始终没有能使他在政治风浪之中置身事外。他以后被卷入争端，进退维谷，直到提出解呈十一次之多，才能奉准退休。居庙堂之高则忧其民，处江湖之远则忧其君，申时行把毕生的精力和智慧都献给了这个山雨欲来风满楼之际的大明王朝，即使没有能像张居正一样给大明带来些许末日余晖，但也至少是一位恪尽职守的首辅大臣了。
在那个官场和国家都很黑暗的时代，唯独有这么一位出淤泥而不染的模范清官海瑞。很难想象在那样一个贪官污吏横行世道的年代，作为官场上的一名“异类”，其他官员们会想方设法或贪或抢去谋取私利，廉洁公正不过是一层裹着道德糖衣的社会表象，海瑞作为一股忠君爱民、道德高尚的清流，其克己几近刻板，他官至二品，死的时候仅留下白银二十两，不够殓葬之资。和很多同僚不同，海瑞不能相信治国的根本大计是在上层悬挂一个抽象的、至善至美的道德标准，而责成下面的人在可能范围内照办，行不通就打折扣。而他的尊重法律，乃是按照规定的最高限度执行。他高度热衷于通过法律手段来评判一切事由，充分重视法律的作用并且执法不阿，但是作为一个在圣经贤传培养下成长的文官，他又始终重视伦理道德的指导作用。他的人生信条和古怪性格既被人尊重也被人遗弃，他的一生虽被人仰慕但却没有人以他为榜样执事，体现了一个有教养的读书人服务于公众而牺牲自我的精神。而这种矛盾体最根本的缘由就是他的所作所为不符合文官集团们的办事准则，法律的解释和执行离不开传统的伦理，组织上也没有对付复杂的因素和多元关系的能力，导致的结果只能是个人道德之长，仍不能补救组织和技术之短。从政二十多年的他被不断的退官和再起用，他的直言胆略在当时可以说无人能及，曾经写过一封批评讽刺的信给嘉靖皇帝，还给自己准备了一口事后棺材，结果大怒的皇帝最终也没拿海瑞怎么办，只是坐了十个月的牢房后又被重新任用。激怒嘉靖皇帝之后的他获得了前所未有的威名，继任的皇帝派他去江南解决官宦大户侵吞小民土地的问题，土地产权引出民间非法高利贷行为，加之一系列的连锁问题连政府都无暇顾及，仅凭海瑞他一人之力如何撼动，更何况已经触及到了以徐阶为代表的地主阶层的利益。他用道德原则和洪武法令阻止了地方上非法的高利贷行为，但却鼓励了赖帐行为，他把洪武皇帝提倡的原则奉为金科玉律，不准民间制造奢侈品，但他没想到政府不用技术和经济的力量扶植民众，而单纯依靠政治上的压力和道德上的宣传，结果只能事与愿违，让整个社会经济停滞不前。作为一个官员，他有着比皇帝还要道德的道德，却对经济领域的理性和法律置若罔闻，最终壮志难酬，被皇帝罢免。他用自己特立独行的方法抨击那个时代官场上的黑暗，他和张居正一样希望在制度的框架下，积极推动国家的发展，但以个人力量对抗整个复杂昏暗的社会，而没有强大革新的法律制度和机构作为保障，最终逃不出历史的局限性和时代赋予他的孤立感。万历十五年，他官复原职，并且死在任上，这位纪委官员和他重归“洪武型社会”的美梦，最终惨淡收场。
抗倭名将戚继光，一个耳熟能详的民族英雄，在那个内忧外患兵荒马乱的年代，杨应龙在西南叛变，哱拜在宁夏造反，日本的关白丰臣秀吉侵占朝鲜，东北的努尔哈赤在白山黑水间发难，时势造英雄，面对帝国陈旧的军事体制，戚继光一面强化军纪提升军力一面改革体制大胆创新，拟订了很多有效的战术和防御体系，发明了小规模作战的“鸳鸯阵”，建立了盛名一时的戚家军，他也得到了谭纶、张居正的赏识，最后升任蓟州总兵，掌握着帝国绝对的军事力量，但他也深知在那个文官当政重文轻武的时代，为了不被文官集团猜忌，他的军事才能也没有给他带来政治上的野心。戚继光本有可能在军事组织和军事技术上实现明代军队的现代化，他有能力治理好一个军队打好一次战役，但却无法扭转帝国最终败亡的命运，毕竟势单力薄，帝国有千千万万个思想迂腐的文官，但只有一个拥有长远眼光和创新意识的戚继光，他的一系列军事改革也不过杯水车薪，最终埋没在历史的硝烟中。后来由于张居正集团的倒台，因受之牵连而被迫离职退休，最终他在贫病交迫中死去，成为文官政治的牺牲品。不过书中也提及了戚继光不为人知的一面，在招募新兵的时候利用宗教感极强的仪式，与士兵们歃血为盟，崇尚超自然力量，在和上级密会时对张居正进行物质上的贿赂等等，不过这也另当别论了。而就在万历十五年前后，西班牙的舰队，已准备出征英国，这事情的意义即是军备的张弛，立即影响一国国运的兴衰，世界局势如是，而这将星西殒之际，我们一个古老的帝国业已失去重整军备的最好良机。三十年后，本朝的官兵和努尔哈赤的部队交锋，缺乏戚南塘将军苦心孤诣拟订的战术和强调的组织纪律，结果是众不敌寡。兹后八旗军作为一股新生力量崛起于白山黑水之间，其取本朝而代之，也早已是时间问题。英雄末路，令人扼腕叹息，一代才将终将陨落，大明王朝也岌岌可危了。
哲学家李贽则是从思想领域作为一个反例衬托了当时社会的压抑。他的行为和思想都偏离正统，是个离经叛道的哲学异类。 作为一名儒家的信徒，他在做地方官的时候，已经按照儒家的伦理原则完成了对家庭应尽的一切义务，后来他看看透官场套路后，面对这种儒家理念和实际运作的巨大差异，提出了每个人可以根据自己的理解解释儒家经典，而不是一股脑的接受程朱理学定下的条条框框。这个观点有点像在马丁路德在宗教改革时提出的每个人都可以根据自己的意见解释经典。后者在很大程度促进了当时的思想解放。但李贽并没有马丁路德的自恃，他当时并不算一个改革者而是一个反叛者，他的观点遭到了文官集团的强力抵制。在儒家文化根深蒂固的封建王朝，两千年前的孔孟之道，在过去曾经是领导和改造社会的力量，至此已成为限制创造的牢笼。就如申时行说的那样，阴和阳就显得格外的重要，官僚就是在阴阳中，取得平衡发展。我们的思想已经禁锢，道德不过是抽象的、高高在上的标准而已，在这外表下多了很多阴和阳的虚与委蛇。在道德的旌旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要慨乎言之:“其流弊至于于今日，阳为道学，阴为富贵！”。而他的思想本身也充满了矛盾性，他的思想既能看到超越时代的地方，也能看到为主流思想附庸的观点。张居正在政治上找不到出路，就如同李贽在哲学上找不到出路，他们同样追求自由，有志于改革和创造，又同样为时代所遏制。李贽的悲观不仅仅是属于他个人的，也属于他所生活的那个年代。传统的政治已经凝固，类似如宗教改革或者文艺复兴的新生命无法在这样的环境中孕育，社会把个人理智压缩在极小的范围中，人的廉洁和诚信，也只能长成灌木，不能成为丛林。他的学说破坏性强而建设性弱，他没有能创造一种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏决心和能力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家一样，但他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化和神秘化。我们再三考虑，则又觉得李贽的不幸，又未必不是我们今日研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分的了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱熹和王阳明的是非长短，由于李贽的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李贽的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。
书中表面上是在回顾这六个人物，实质是在借他们的人生起伏，揭示明朝乃至整个封建社会两千年官僚体制必败的原因。 书本结尾言道:“万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。”而这六个人也代表了一个时代失败的缩影。每个人物都各具典型，每个人都心底都存在欲望，书中无不叙述了他们在理想与现实的冲突中饱受煎熬，无论是皇帝还是官员，他们的欲望都没有得到满足，最终谁都没有功德圆满，有的甚至身败名裂。万历以天子之尊，张居正以独裁者之能，申时行以和事佬之老到，海瑞以原教旨主义者之偏执，戚继光以战神之功伟，李贽以哲学家之叛逆。决定他们行动的绝非他们自身道德水准的高低，而是有着很深的制度底色。最终，他们都被文官集团的阴影所笼罩，成为了制度的牺牲者。帝国的官僚政治已经发展到登峰造极，成千成万的官僚，在维护成宪的名义下保持各方面的平衡，掩盖自己可告人的私利。
总的来说，我们这个庞大的帝国，在本质上无非是无数的农村合并成为一个集体，礼仪和道德代替法律，只看善恶，不看合法与否，各个机构之间从来都没有成文条例，全书的中心观点集中在讨论法律与道德的关系，法律与道德的互相不可替代性，体现在人性上便是人的阴阳两面，阴的一面是自私利己，阳的一面是儒家治国的礼法。当阴的一面完全攻占了阳的一面，便是礼崩乐坏之时。如果我们这个以小农经济为基础的大帝国，不能发生根本的改变，由于农业传统社会的现实引力，现代化的技术和落后的社会组织必不能相容。 一些试图改变现有体制的人都惨淡收场，后继者浑浑噩噩，无所做为。从某种意义上来说，这是最后一次对中国传统社会管理体制的改革，但最终以失败告终，仅有的革新因子消逝殆尽，这也意味着本质为农业传统社会的封建制度的彻底失败。可以说，1587年是中西方各自的历史转折点，一个开始在世界崭露头角，并逐渐统治世界；而另一个走向衰败，被世界逐渐淘汰。万历十五年正处在这个节点上，西方已经开始了大航海时代，资产阶级革命的曙光已经开始照亮西方中世纪的黑暗，而东方的古老帝国却还在历史的桎梏里苦苦挣扎。
1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头，在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，有的人则身败而兼名裂。
