学习小组Day12-进化树的学习3

两种进化树图

  1. 经典树图(Traditional)Rectangle Tree
    可以清晰展示出样本间进化距离等信息,这是发表文章时最常展示的树形结构。


    (Traditional)Rectangle Tree
  2. 圈图(Circle Tree)


    Circle Tree

    分析样本的数量巨大时(比如100个甚至更多样本建树),展示效果比较酷,因为占用的空间明显小于普通矩形树。但是,其缺点也很明显,可读性差,你几乎不能比较相互之间的进化距离。因此,适用于展示彼此间差异较大的样本。

知识点--拓扑结构

拓扑结构(tree topology),即树的分支方式。我们重建系统发生树主要任务就是从众多候选的拓扑结构种找到能最好描述数据进化过程的结构。有根树比无根树有更多的拓扑结构。当然,我们也关心分支的长度等其他信息。

A为无根树,B为有根树

如上图所示,同样的6种鸟,分别构建了A无根树,B有根树。这6种鸟组成了叶节点(用红色圆圈圈出),而内部节点上的鸟类则是预测的(重构的)外部祖先物种,B图中的一个灰色鸟(用绿色圆圈圈出)被标记为树根(root)。在A无根树上,我们不能明确灰色鸟是不是黄色鸟进化而来,反之亦然,因此物种之间的进化方向是不确定的;在B有根树上,则能看到进化的方向(用浅灰色箭头表示),我们也明确了黄色鸟是从一种灰色鸟进化而来的。

除了根的有无,有3种基本表示进化树的方式

  1. 进化分支树cladogram


    进化分支树

    展示分类单元之间的家系关系,但是没有任何时间和分歧程度。

  2. 加性树additive tree


    加性树

    除了有普通进化分支树的所有信息外,分支长度是进化的定量度量。

  3. 等距树ultrametric tree


    等距树

    除了有加性树的所有信息外,从这样的树我们大体上可度量进化事件的实际发生时间。